使用组装基因组对枯草芽孢杆菌属分离株进行硅基分类
项目描述
BTyper3
硅基分类枯草芽孢杆菌属分离株的组装基因组
概述
BTyper3是一个命令行工具，用于使用标准命名法对枯草芽孢杆菌属基因组进行分类。
程序以及相关数据库可以从https://github.com/lmc297/BTyper3下载。
在https://github.com/lmc297/BTyper3/issues发布问题。
更多信息请查阅BTyper3的wiki页面：https://github.com/lmc297/BTyper3/wiki。
安装
更多信息请查阅BTyper3 wiki
conda（推荐）
创建一个名为btyper3的conda环境并安装BTyper3及其所有依赖项
- 如有需要，请安装conda
- 通过在终端运行以下命令创建一个名为
btyper3的新环境：conda create -n btyper3 - 通过在终端运行以下命令激活您的
btyper3环境：conda activate btyper3 - 通过在终端运行以下命令安装BTyper3：
conda install -c bioconda btyper3 - 现在您可以使用
btyper3了！通过在终端运行以下命令查看所有btyper3选项，或查看BTyper3维基以获取详细信息btyper3 --help - 完成BTyper3的使用后，您可以通过以下命令来停用
btyper3环境：conda deactivate
pip
-
如有需要，请将BLAST+添加到您的路径中（要检查BLAST+是否在您的路径中，请尝试从命令行运行
makeblastdb -h和tblastn -h；您应该为每个命令获得帮助信息，而不会有错误信息） -
通过
pip安装（这将下载所需的Python依赖项）pip install btyper3
新闻：BTyper3 v3.2.0、v3.3.0和v3.4.0的更新 -- 新物种已发布！
BTyper3的主要功能是允许用户使用标准化的命名法对B. cereus组基因组进行分类（有关标准化命名法的构建以及与历史分类方法的比较的详细信息，请参阅此处和此处）。然而，我们理解一些用户可能还想将他们的B. cereus组基因组与已发表的B. cereus组物种的参考菌株基因组进行比较。因此，在BTyper3 v3.2.0中，我们添加了--ani_typestrains选项，该选项计算查询基因组与所有已发表的B. cereus组物种参考菌株基因组的ANI值，并报告产生最高ANI值的参考菌株。
BTyper3的--ani_typestrains选项所使用的参考菌株基因组对应于我们在系统分类学审查的图2中讨论的物种，以及审查发表后的物种（即在v3.2.0中添加的"Bacillus sanguinis"、"Bacillus paramobilis"和"Bacillus hominis"；在v3.3.0中添加的"B. arachidis"和"B. rhizoplanae"；在v3.4.0中添加的"B. pretiosus"）。在BTyper3用于基因组物种分配的标准化分类学中
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Bacillus sanguinis的所有成员（参考菌株RefSeq Assembly Accession GCF_018332475.1）属于B. mosaicus（即，在标准化分类学中不将B. sanguinis视为新物种）
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Bacillus paramobilis的所有成员（参考菌株RefSeq Assembly Accession GCF_018332495.1）属于B. mosaicus（即，在标准化分类学中不将B. paramobilis视为新物种）
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Bacillus hominis的所有成员（参考菌株RefSeq Assembly Accession GCF_018332515.1）属于B. mycoides（即，在标准化分类学中不将B. hominis视为新物种）
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"Bacillus arachidis"（参考菌株RefSeq Assembly Accession GCF_017498775.1）取代了标准化分类学中之前称为"Unknown Species 17"的假设基因组物种
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Bacillus rhizoplanae（参考菌株RefSeq Assembly Accession GCF_917563915.1）在标准化分类学中代表了一个新的基因组物种，并被添加到数据库中
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"Bacillus pretiosus"的所有成员（参考菌株RefSeq Assembly Accession GCF_025916425.1）属于B. mosaicus（即，在标准化分类学中不将"B. pretiosus"视为新物种）
重要的是，文献中经常使用非标准化的方法提出B. cereus群体物种（例如，改变基因组物种阈值，可能导致重叠的基因组物种）。我们在BTyper3 v3.2.0中添加了类型菌株比较方法，因为用户可能仍然希望将查询基因组与已发表的B. cereus群体物种的类型菌株进行比较。然而，请谨慎解释结果，因为一些B. cereus群体基因组可能属于多个物种，使用类型菌株基因组。
更多信息，请参阅我们的
引用
如果您发现BTyper3工具、其源代码及其关联数据库有用，请引用
Carroll, Laura M.，Martin Wiedmann，Jasna Kovac。2020。《"为Bacillus cereus群体提出一种分类学命名法，该命名法将细菌物种的基因组定义与临床和工业表型相协调。" mBio 11(1): e00034-20; DOI: 10.1128/mBio.00034-20。
Carroll, Laura M.，Rachel A. Cheng，Jasna Kovac。2020。《"无需组装：使用BTyper3评估提议的分类学框架与历史分型方法的一致性。" Frontiers in Microbiology 11: 580691; DOI: 10.3389/fmicb.2020.580691。
快速入门
有关详细信息，请参阅BTyper3 wiki
命令结构
btyper3 -i [fasta] -o [output directory] [options...]
寻求帮助，请输入btyper3 -h或btyper3 --help
输入当前版本，请输入btyper3 --version
示例命令
执行所有默认分析，使用以（多）FASTA格式输入的组装基因组（完整或草图）
btyper3 -i /path/to/genome.fasta -o /path/to/desired/output_directory
执行所有默认分析，使用以（多）FASTA格式输入的组装基因组（完整或草图）
btyper3 -i /path/to/genome.fasta -o /path/to/desired/output_directory --fastani_path /path/to/FastANI_executable/fastANI
执行所有默认分析，以及伪基因流单位分配，使用以（多）FASTA格式输入的组装基因组（完整或草图）
btyper3 -i /path/to/genome.fasta -o /path/to/desired/output_directory --ani_geneflow True
仅执行七基因MLST，使用用户提供的MLST基因序列和最新的PubMLST B. cereus s.l.数据库（序列可以是多FASTA格式，也可以是单个序列的FASTA格式）
btyper3 -i /path/to/mlst.fasta -o /path/to/desired/output_directory --ani_species False --ani_subspecies False --ani_typestrains False --virulence False --bt False --panC False --download_mlst_latest True
仅执行panC群体分配，使用以FASTA格式提供的panC基因序列
btyper3 -i /path/to/panC.fasta -o /path/to/desired/output_directory --ani_species False --ani_subspecies False --ani_typestrains False --virulence False --bt False --mlst False
在FASTA格式的质粒序列中检测致病因子和编码Bt毒素的基因
btyper3 -i /path/to/plasmid.fasta -o /path/to/desired/output_directory --ani_species False --ani_subspecies False --ani_typestrains False --mlst False --panC False
免责声明：BTyper3相当不错！然而，没有工具是完美的，BTyper3不能确定地证明一个分离株是否具有致病性。因此，请谨慎解释您的结果。我们不承担分类学错误分类、分离株致病潜力或工业用途的错误分类以及/或对BTyper3结果（生物的、统计的或其他）的错误解释的责任。
