Brion

欢迎来到Brion，这是一个用于读取和写入Blue Brain数据结构的C++项目，包括BlueConfig/CircuitConfig、Circuit、CompartmentReport、Mesh、Morphology、Synapse和Target文件。

Brion可以通过克隆源代码来获取。最新的API文档（http://bluebrain.github.io/Brion-1.9/index.html）可以在bluebrain.github.io上找到。Python封装Brain的额外文档存在（python/index.html）。

要跟踪版本之间的更改，请检查[更改日志](@ref Changelog)。

功能

Brion提供了两个库：Brion和Brain。前者是一组文件读取器和写入器，旨在以低级访问数据模型。后者是一组高级类，它使用用例导向的API封装了低级数据对象。

还可以使用pip构建和安装访问库的Python包。该包在PyPi上也可用，名称为"brion"。请注意，Python包需要用户在其系统上安装Python开发包。

IO库

这是Brion提供的核心库。它包括用于读取和写入存储Blue Brain数据模型的文件的类。

• 快速且开销低的读取访问
  • 蓝配置（brion::BlueConfig）
  • 电路描述（brion::Circuit）
  • H5突触数据（brion::SynapseSummary，brion::Synapse）
  • 目标（brion::Target）
  • BBP二进制网格（brion::Mesh）
  • BBP H5形态和SWC形态（brion::Morphology）
  • 隔室报告（brion::CompartmentReport）
  • 刺报告（brion::SpikeReport）
• 快速且低开销的写入访问
  • 隔室报告（brion::CompartmentReport）
  • BBP二进制网格（brion::Mesh）
  • BBP H5形态（brion::Morphology）
  • 刺报告（brion::SpikeReport）
• 基本[数据类型](@ref brion/types.h)，使用Boost和GLM处理加载的数据。

免责声明

尽管Brion能够读取SONATA格式的节点、边和报告，但其使用是实验性的，并且没有得到官方支持。为了读取SONATA格式，建议使用libsonata（https://github.com/BlueBrain/libsonata）。

高级库

高级库称为Brain，它提供

• brain::Circuit，用于加载关于细胞、形态（在局部和全局电路坐标中）和突触的信息。
• brain::neuron::Morphology，带有高级函数来处理形态。
• brain::Synapses和brain::Synapse，用于访问突触的数组和对象。

构建

Brion是一个跨平台库，旨在在任何现代操作系统上运行，包括所有Unix变体。Brion使用CMake创建特定平台的构建环境。以下平台和构建环境已过测试

• Linux：Ubuntu 16.04或更高版本，RHEL 6.8（Makefile，Ninja）

从源代码构建非常简单

git clone --recursive https://github.com/BlueBrain/Brion.git
mkdir Brion/build
cd Brion/build
cmake -GNinja -DCMAKE_BUILD_TYPE=Release -DEXTLIB_FROM_SUBMODULES=ON ..
ninja

资助与致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院（EPFL）蓝脑项目的资助，该项目是洛桑联邦理工学院（EPFL）的研究中心，由瑞士联邦理工学院董事会提供资金。

该项目得到了欧盟FP7-ICT计划下编号为604102的资助协议（人脑项目RUP）的资金支持。

该项目得到了欧盟地平线2020框架计划下特定资助协议编号为720270（人脑项目SGA1）的资金支持。

本项目基于由沙特国王科技大学（KAUST）资助的研究成果，资助协议编号为OSR-2017-CRG6-3438。

许可证

除非另有说明，否则Brion根据LGPL许可，例如对于外部依赖项。有关完整许可证，请参阅文件LICENSE.txt。

版权（c）2008-2022蓝脑项目/EPFL

本库是免费软件；您可以按照免费软件基金会发布的GNU Lesser General Public License的版本3进行重新分配和/或修改。

本库的发行是为了希望它是有用的，但没有任何保证；甚至没有关于其适销性或适用于特定目的的暗示性保证。有关详细信息，请参阅GNU Lesser General Public License。

您应已收到GNU Lesser General Public License的副本；如果没有，请写信给Free Software Foundation, Inc.，51 Franklin Street，Fifth Floor，Boston，MA 02110-1301 USA。