脑成像分析套件
项目描述
脑成像分析套件
脑成像分析套件是一组Python模块，用于神经科学，主要专注于功能性磁共振成像（fMRI）分析。
该套件最初由英特尔公司和普林斯顿神经科学研究所（PNI）合作创建。
为了减少冗余，我们可以使用BrainIAK缩写来指代脑成像分析套件。当使用小写拼写（例如Python包名）时，我们使用brainiak。
快速入门
如果您有Conda
conda install -c brainiak -c defaults -c conda-forge brainiak
否则，或者如果您想从源代码编译，请安装要求（见docs/installation）然后从PyPI安装
python3 -m pip install brainiak
注意，为了使用brainiak.matnormal包，您需要安装额外的依赖项。截至2020年10月，所需版本作为Conda包不可用，因此即使在使用Conda的情况下，也应从PyPI安装
python3 -m pip install -U tensorflow tensorflow-probability
注意，我们不支持Windows。
Docker
您还可以使用Docker测试BrainIAK而不安装它
docker pull brainiak/brainiak docker run -it -p 8888:8888 -v brainiak:/mnt --name demo brainiak/brainiak
要运行运行容器中的Jupyter笔记本，请尝试
python3 -m notebook --allow-root --no-browser --ip=0.0.0.0
然后在浏览器中访问http://localhost:8888并输入令牌。提示：在运行笔记本命令之前运行screen。
注意，我们不支持使用Docker容器进行MPI执行，并且性能可能不是最佳。
支持
如果您有任何问题或反馈，请在Gitter上与我们聊天或通过电子邮件brainiak@googlegroups.com联系我们。如果您发现BrainIAK存在问题，您也可以在GitHub上打开一个问题。
示例
我们在代码仓库的示例目录中包含了BrainIAK的使用示例，例如，funcalign/srm_image_prediction_example.ipynb。
要运行示例，请从GitHub下载最新的BrainIAK发行版存档。注意，我们目前只支持最新版本，因此请确保升级您的BrainIAK安装。
文档
文档可在http://brainiak.org/docs找到。
贡献
我们欢迎贡献。请查看标记为“easy”的问题，以获取开始贡献的想法。请在CONTRIBUTING.rst中首先阅读指南。
引用
请在您的出版物中引用BrainIAK为：“脑成像分析套件，http://brainiak.org。”另外，如果您使用RRIDs来识别资源，请将BrainIAK称为“脑成像分析套件，RRID:SCR_014824”。最后，请引用您在BrainIAK模块的文档中引用的出版物，例如，SRM。
