brain-indexer

brain-indexer是一个用于在大数据集（TB及以上）上进行高效空间查询的库。它目前基于boost::rtree。

它提供了一个高级Python API，用于简单几何形状（矩形、球体和圆柱体）的索引，以及创建突触和形态索引所需的功能。

安装

从PyPI

PyPI上有一个没有在多个节点上进行处理的brain-indexer版本，可以轻松安装

pip install brain-indexer

从源代码

brain-indexer需要Boost，最低版本为1.79.0，但最好是1.80.0或更高版本。如果您的系统没有提供此类版本，可以按照以下方式将更近版本安装到/opt/boost/

wget -qO- https://boostorg.jfrog.io/artifactory/main/release/1.85.0/source/boost_1_85_0.tar.bz2 | tar xjf -
cd boost_1_85_0
./bootstrap.sh
./b2 --prefix=/opt/boost --with-serialization --with-filesystem --with-test install

当使用像这样自定义的Boost安装时，必须设置以下环境变量，以确保找到所有库

export SKBUILD_CMAKE_DEFINE="CMAKE_INSTALL_RPATH_USE_LINK_PATH=ON"
export CMAKE_PREFIX_PATH=/opt/boost

如果需要通过MPI进行多节点处理，必须安装以下系统依赖项

sudo apt-get install -y libopenmpi-dev

然后可以像往常一样继续安装brain-indexer，带有MPI支持

gh repo clone BlueBrain/brain-indexer
pip install "./brain-indexer[mpi]"

或没有支持

gh repo clone BlueBrain/brain-indexer
pip install ./brain-indexer/

从哪里开始

我们提供了两个Jupyter笔记本，以实际操作的方式介绍brain-indexer

• 基本介绍在basic_tutorial.ipynb
• 更复杂的使用案例在advanced_tutorial.ipynb

示例

有关如何使用brain-indexer的更多示例可在examples文件夹中找到

• segment_index.py：简单段索引和查询
• synapses_index.py：简单突触索引和查询
• segment_index_sonata.py：使用SONATA文件进行段索引和查询
• segment_multi_index_sonata.py：使用SONATA文件进行段多索引和查询
• synapse_multi_index_sonata.py：使用SONATA文件进行突触多索引和查询

此外，tests文件夹包含一些测试，这些测试也是如何使用brain-indexer的示例。

致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院洛桑联邦理工学院（EPFL）的Blue Brain项目研究资助，该项目由瑞士政府联邦理工学院董事会资助。

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