生物链模型工具包 - 精简版！

bmt-lite 是 bmt 集合子集的零依赖近似克隆。它支持许多常用 bmt 方法的输入/输出对预先填充的缓存。

bmt 本身占用 ~127 KB 的磁盘空间，但与其所有依赖项一起，占用 ~36.2 MB。另一方面，bmt-lite-1.8.2 在磁盘上占用 ~295 KB，其中 ~254 KB 是缓存数据。从 bmt 初始化工具包需要 ~2 秒，而从 bmt-lite 初始化工具包需要 ~2e-7 秒。因为 bmt-lite 的所有行为都是预先缓存的，所以运行时不需要互联网。

* 所有测量都是在随机星期二下午的一台典型笔记本电脑上进行的

注意：bmt-lite 并没有实现 bmt 的所有功能。欢迎提出功能请求（或拉取请求？！）。此外，现有功能可能略有不同；例如，bmt-lite 的元素名/ID格式转换对于某些特殊情况已知会有所不同。

安装

您必须安装与您想要的生物链模型版本相对应的特定“口味”的bmt-lite。目前有1.7.0 - 2.2.5版本可供使用。

例如，

pip install bmt-lite-1.8.2

用法

使用 bmt-lite 几乎与使用 bmt 本身完全一样：https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage

开发

构建

pip install -rrequirements-build.txt
./build.sh

测试

pip install -rrequirements-test.txt
tox

发布

pip install twine
twine upload dist/*