Biolink模型工具包 - 精简版！

bmt-lite 是 bmt 部分功能的零依赖近似克隆。它背后是一个预填充的输入/输出对缓存，用于许多常用 bmt 方法。

bmt 本身占用磁盘空间约127 KB，但包括所有依赖项后，占用约36.2 MB。另一方面，bmt-lite-1.8.2 在磁盘上占用约295 KB，其中约254 KB是缓存数据。从 bmt 初始化工具包需要约2秒，而从 bmt-lite 初始化工具包需要约2e-7秒。由于 bmt-lite 的所有行为都是预先缓存的，因此它在运行时不需要互联网。

* 所有测量均在随机星期二的下午在典型笔记本电脑上完成

注意： bmt-lite 并未实现 bmt 的所有功能。欢迎提出功能请求（或拉取请求？！）。此外，现有功能可能略有不同；例如，bmt-lite 的元素名/ID格式转换在特定情况下已知有所不同。

安装

您必须安装与您想要的Biolink模型版本相对应的特定“口味”的bmt-lite。目前有1.7.0 - 2.2.5版本可用。

例如，

pip install bmt-lite-1.8.2

用法

使用bmt-lite几乎就像使用bmt本身一样： https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage

开发

构建

pip install -rrequirements-build.txt
./build.sh

测试

pip install -rrequirements-test.txt
tox

发布

pip install twine
twine upload dist/*