生物链接模型工具包 - 精简版！

bmt-lite 是 bmt 子集的零依赖近似克隆。它由许多常用 bmt 方法的输入/输出对的前置缓存支持。

bmt 独立在磁盘上占用 ~127 KB，但加上所有依赖项，占用 ~36.2 MB。另一方面，bmt-lite-1.8.2 在磁盘上占用 ~295 KB，其中 ~254 KB 是缓存数据。从 bmt 初始化工具包需要 ~2 秒，而从 bmt-lite 初始化工具包需要 ~2e-7 秒。由于 bmt-lite 的所有行为都是预先缓存的，因此在运行时不需要互联网。

* 所有测量均在典型的笔记本电脑上随机星期二下午进行

注意：bmt-lite 并没有实现 bmt 的所有功能。欢迎提出功能请求（或拉取请求）！此外，现有功能可能略有不同；例如，bmt-lite 的元素名/ID格式转换在特殊情况下已知有所不同。

安装

您必须安装与您想要使用的生物链接模型版本相对应的特定“风味”的 bmt-lite。目前有 1.7.0 - 2.2.5 版本可用。

例如，

pip install bmt-lite-1.8.2

用法

使用 bmt-lite 几乎与使用 bmt 本身完全相同：[https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage](https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage)

开发

构建

pip install -rrequirements-build.txt
./build.sh

测试

pip install -rrequirements-test.txt
tox

发布

pip install twine
twine upload dist/*