常见bmt功能的零依赖近克隆
项目描述
生物链接模型工具包 - 精简版!
bmt-lite 是bmt子集的零依赖近克隆。它支持许多常用bmt方法的预填充输入/输出对。
bmt本身在磁盘上占用约127 KB,但加上所有依赖项后,占用约36.2 MB。另一方面,bmt-lite-1.8.2在磁盘上占用约295 KB,其中约254 KB是缓存数据。从bmt初始化工具包需要约2秒,而从bmt-lite初始化工具包需要约2e-7秒。由于bmt-lite的所有行为都是预先缓存的,因此在运行时不需要互联网。
bmt | bmt-lite (-1.8.2) | |
---|---|---|
大小 | 127 KB | 295 KB |
包含依赖项的大小 | 36.2 MB | 295 KB |
初始化时间 | 2秒 | 2e-7秒 |
* 所有测量均在随机星期二下午的普通笔记本电脑上进行
注意: bmt-lite 并没有实现 bmt 的所有功能。欢迎提出功能请求(或者拉取请求?!)。另外,现有功能可能略有差异;例如,bmt-lite 的元素名称/ID 格式转换在某些特殊情况下已知有差异。
安装
您必须安装与您想要的 Biolink 模型版本相对应的特定 "口味" 的 bmt-lite。目前有 1.7.0 - 2.2.5 版本可用。
例如,
pip install bmt-lite-1.8.2
使用方法
使用 bmt-lite 几乎与使用 bmt 本身一样:[https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage](https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage)
开发
构建
pip install -rrequirements-build.txt
./build.sh
测试
pip install -rrequirements-test.txt
tox
发布
pip install twine
twine upload dist/*
项目详情
下载文件
下载您平台上的文件。如果您不确定选择哪一个,请了解更多关于 安装包 的信息。
源分布
bmt-lite-2.1.0-2.2.0.tar.gz (6.7 kB 查看哈希)
构建分布
bmt_lite_2.1.0-2.2.0-py3-none-any.whl (91.5 kB 查看哈希)
关闭
bmt-lite-2.1.0-2.2.0.tar.gz 的哈希
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 63fe9b905b818e5e58a7f93eb9df8bdf94ece5d9708aa3b76cd769408baecebc |
|
MD5 | 0cd292cccf4fe3ab8d1dee9b80751afb |
|
BLAKE2b-256 | d197ce009bf5cb030011ee853fdf3dc86dd677dee3892c38e3292acf201a2f28 |
关闭
bmt_lite_2.1.0-2.2.0-py3-none-any.whl 的哈希
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 4b1f9cfc176de6e16b46503ba24239ac246af8d3eb3451274ac371f12f49e8ac |
|
MD5 | e1a4e431623178e730088fdbc8c79083 |
|
BLAKE2b-256 | e03d2ec77e11549aaf22bae32e5eed8e86daa5ba326238f23c13191135b340b0 |