Biolink模型工具包 - 轻量版！

bmt-lite 是 bmt 子集的无依赖近似克隆。它由许多常用 bmt 方法的输入/输出对的预填充缓存支持。

bmt 本身在磁盘上占用 ~127 KB，但与其所有依赖项一起，它占用 ~36.2 MB。另一方面，bmt-lite-1.8.2 在磁盘上占用 ~295 KB，其中 ~254 KB 是缓存数据。从 bmt 初始化工具包需要 ~2 秒，而从 bmt-lite 初始化工具包需要 ~2e-7 秒。因为 bmt-lite 的所有行为都是预先缓存的，所以在运行时不需要互联网。

* 所有测量都是在随机星期二的下午在一台典型的笔记本电脑上进行的

注意：bmt-lite并未实现所有bmt的功能。欢迎提出功能请求（或拉取请求？！）。此外，现有功能可能略有不同；例如，bmt-lite的元素名称/ID格式转换在某些特殊情况下是已知的。

安装

您必须安装与您想要的Biolink模型版本相对应的特定“风味”的bmt-lite。目前有1.7.0 - 2.2.5版本。

例如，

pip install bmt-lite-1.8.2

使用方法

使用bmt-lite的方式几乎与使用bmt本身相同：https://github.com/biolink/biolink-model-toolkit#usage

开发

构建

pip install -rrequirements-build.txt
./build.sh

测试

pip install -rrequirements-test.txt
tox

发布

pip install twine
twine upload dist/*