模拟和神经网络分析生产力层
项目描述
Blue Brain SNAP
Blue Brain Simulation and Neural network Analysis Productivity layer (Blue Brain SNAP)。
Blue Brain SNAP是一个用于访问以SONATA格式表示的BlueBrain电路模型的Python库。
安装
可以使用pip安装Blue Brain SNAP
pip install bluepysnap
使用方法
Blue Brain SNAP提供了两个主要接口类
Circuit 对应于神经网络的静态结构，即
节点位置和属性，
边缘位置和属性，以及
详细形态。
模拟 对应于神经网络模拟的 动态 数据，包括
spikes 报告，
soma 报告，以及
腔室报告。
Blue Brain SNAP 的多数方法返回 pandas Series 或 DataFrames，以方便将来自不同来源的数据（即，通过节点或边 ID）合并。
在其他依赖项中，Blue Brain SNAP 依赖于 Blue Brain 项目提供的库
工具
电路验证
Blue Brain SNAP 提供了一个 SONATA 电路验证器，用于验证电路。
验证包括
电路配置文件的完整性。
不同节点/边文件和 components 目录的存在。
节点/边文件中存在“sonata required”字段。
边到节点人口/ID 绑定的正确性。
节点存在形态文件。
此功能由以下任一命令行功能提供
bluepysnap validate-circuit my/circuit/path/circuit_config.json或一个 Python 自由函数
from bluepysnap.circuit_validation import validate
errors = validate("my/circuit/path/circuit_config.json")模拟验证
与电路验证类似，Blue Brain SNAP 还提供了一个 SONATA 模拟验证器，用于验证模拟配置。
目前，验证器验证以下内容
配置文件中存在所有必填字段
模拟配置规范 中所有属性的正确数据类型和接受值
配置中指定的路径存在
配置中指定的节点集存在
输入 spike 文件的节点 ID 在 source 节点集中找到
电极文件的节点 ID 在模拟的 node_set（如果设置）或非虚拟种群中找到
neurodamus 辅助程序和变量存在（需要环境中有 neurodamus）
此功能由以下任一命令行功能提供
bluepysnap validate-simulation my/circuit/path/simulation_config.json或一个 Python 自由函数
from bluepysnap.simulation_validation import validate
errors = validate("my/circuit/path/simulation_config.json")致谢
本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院（EPFL）的 Blue Brain 项目，一个洛桑联邦理工学院（EPFL）的研究中心的资助。
该项目/研究得到了欧盟 Horizon 2020 研究和创新框架计划的资助，具体资助协议号 785907（人脑项目 SGA2）。
Blue Brain 项目感谢 Eilif Muller 博士，Blue Brain SNAP 的前身作者，他为该项目提供了宝贵的见解和贡献
许可证
Blue Brain SNAP 根据 GNU Lesser General Public License 版本 3 的条款许可，除非另有说明，例如外部依赖项。有关详细信息，请参阅 COPYING.LESSER 和 COPYING。
版权 (c) 2019-2024 Blue Brain 项目/EPFL
本程序是自由软件：您可以按照自由软件基金会发布的 GNU Lesser General Public License 版本 3 的条款重新分发和/或修改它。
本程序以希望它将是有用的方式分发，但没有任何保证；甚至没有关于其适销性或适用于特定目的的隐含保证。有关详细信息，请参阅 GNU Lesser General Public License。
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bluepysnap-3.0.1.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 733bf35f90d11a70284793f0f0974fea628f70a47f16c4a200872ef75f36b597 |
|
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|
| BLAKE2b-256 | 2ed3d561f569d37c9a80f9e305e9221073894268f5fe718e3664597eeb152a22 |