Blue Brain Python电生理建模管道

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  • 许可： Apache软件许可协议（除非另有说明，例如外部依赖，BluePyEModel采用Apache许可协议）
  • 作者： Blue Brain项目，EPFL
  • 标签 计算神经科学， 模拟， 分析， 参数， Blue Brain项目
  • 要求： Python >=3.9
  • 提供额外功能： all, docs, luigi, nexus, test
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BluePyEModel：Blue Brain Python电生理建模管道

最新发布版

latest release

文档

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许可

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构建状态

CI

覆盖率

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引用

zenodo

介绍

Blue Brain Python电生理建模管道（BluePyEModel）是一个Python包，它简化了电生理神经元模型（e模型）构建任务的配置和执行。它涵盖了从电生理数据中提取电生理特征、e模型参数优化和模型验证等任务。因此，它建立在eFEL、BluePyEfe和BluePyOpt的基础上。

关于电气模型构建的一般概述和示例，请参阅以下论文：[一个创建、验证和泛化详细神经元模型的通用工作流程](https://doi.org/10.1016/j.patter.2023.100855)。

请注意，本包仅涵盖基于电生理数据（patch-clamp）的电气模型构建，且仅依赖于NEURON模拟器。

引用方式

如果您在工作中使用了此存储库，请参阅存储库页面顶部的引用此存储库按钮以获取各种引用格式，包括APA和BibTeX。

有关详细的引用信息，请参阅CITATION.cff文件。

安装

可以使用以下命令通过pip安装BluePyEModel：

pip install bluepyemodel[all]

如果您不想安装所有依赖项，可以通过在括号中指定要安装的依赖项来选择特定的依赖项，而不是使用“all”。如果需要多个依赖项，它们必须由逗号分隔。可用的依赖项有：

  • luigi

  • nexus

  • all

开始E-模型构建流程

E-Model building pipeline

本节展示了流程的一般图景。有关详细图景和使用方法，请参阅L5PC示例及其README。

流程分为6个步骤

  • 提取：从电生理记录中提取e特征，并沿请求的目标平均e特征值。

  • 优化：构建NEURON细胞模型，并使用在e特征提取期间计算的e特征作为目标来优化其参数。

  • 存储模型：读取提取结果并将模型（最佳参数集）存储在本地json文件中。

  • 验证：读取模型并在其上运行优化协议和/或验证协议。然后，将在此协议上获得的e特征得分传递给验证函数，以决定模型是否足够好。

  • 绘图：读取模型并在其上运行优化协议和/或验证协议。然后，沿e特征得分和参数分布绘制结果轨迹。

  • 导出：读取最佳模型的参数并将它们导出到可以在NEURON中使用的文件或用于电路构建的文件中。

这六个步骤应按顺序运行，例如，如果没有存储模型，则无法运行验证。步骤验证、绘图和导出是可选的。在手动创建或从旧项目获取协议和优化目标文件的情况下，步骤提取也可以是可选的。

有关如何使用Nexus访问点运行流程的示例，请参阅Nexus示例

BluePyEModel类图

Schematics of BluePyEModel classes

致谢

这项工作得到了瑞士联邦理工学院（EPFL）洛桑联邦理工学院（EPFL）的研究中心——蓝脑计划资助，该计划由瑞士联邦政府的技术学院委员会资助。本工作部分资助由欧盟第七框架计划（FP7/2007-2013）根据协议号604102（HBP）提供，并由欧盟的“地平线2020”研究与创新框架计划根据特定资助协议号720270（人脑项目SGA1）和785907（人脑项目SGA2）提供，以及由EBRAINS研究基础设施提供，该基础设施由欧盟“地平线2020”研究与创新框架计划根据特定资助协议号945539（人脑项目SGA3）提供资金。

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源分发

bluepyemodel-1.0.24.tar.gz (13.0 MB 查看哈希值)

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构建发行版

bluepyemodel-1.0.24-py3-none-any.whl (13.3 MB 查看哈希值)

上传于 Python 3

由以下支持