生物详细神经网络模拟和分析。

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  • 许可证： Apache软件许可证 (Apache2.0)
  • 作者： Blue Brain Project, EPFL
  • 标签 计算神经科学, 模拟, 分析, SONATA, 神经网络, 神经元, Blue Brain Project
  • 要求： Python >=3.8
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BlueCelluLab

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Zenodo

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Blue Brain Cellular Laboratory旨在进行单个细胞或细胞群体的模拟和实验。BlueCelluLab的适用用例包括

  • 单细胞或细胞对的脚本和统计分析。

  • 模拟后对特定状态变量的轻量级详细报告。

  • 开发突触可塑性规则。

  • 验证突触特性的动态。

  • 自动化全细胞硅上补片实验。

  • 调试，包括科学和计算方面。

引用

在使用BlueCelluLab软件进行您的研究时，请引用以下论文（包括海报展示）：BlueCelluLab：生物详细神经网络实验API

@article{Tuncel2024,
    doi = {10.21105/joss.07026},
    url = {https://doi.org/10.21105/joss.07026},
    year = {2024},
    publisher = {The Open Journal},
    volume = {9},
    number = {100},
    pages = {7026},
    author = {Anıl Tuncel and Werner Van Geit and Mike Gevaert and Benjamin Torben-Nielsen and Darshan Mandge and İlkan Kılıç and Aurélien Jaquier and Eilif Muller and Lida Kanari and Henry Markram},
    title = {BlueCelluLab: Biologically Detailed Neural Network Experimentation API},
    journal = {Journal of Open Source Software}
}

如果您需要引用特定版本，请使用Zenodo提供的DOI，您可以通过仓库页面顶部的“引用此仓库”按钮访问。

支持

我们在Gitter上提供支持。[Gitter](https://gitter.im/BlueBrain/BlueCelluLab)。如果您在使用软件时遇到问题或有一些建议，我们建议您在[Github问题跟踪器](https://github.com/BlueBrain/BlueCelluLab/issues)上创建工单。

主要依赖项

安装

可以使用以下命令使用pip安装BlueCelluLab

pip install bluecellulab

快速入门

以下示例展示了如何创建细胞、添加刺激并运行模拟。

from bluecellulab.cell import create_ball_stick
from bluecellulab import Simulation

cell = create_ball_stick()
sim = Simulation()
sim.add_cell(cell)
stimulus = cell.add_step(start_time=5.0, stop_time=20.0, level=0.5)

sim.run(25, cvode=False)
time, voltage = cell.get_time(), cell.get_soma_voltage()
# plotting time and voltage ...
Voltage plot

教程

有关如何使用BlueCelluLab以及其他示例的更详细说明，可以在示例页面上找到。

API文档

API文档可以在ReadTheDocs上找到。

运行测试

测试使用tox设置。

pip install tox

tox -e py3  # runs the tests
tox -e lint  # runs the format checks

贡献

我们欢迎对BlueCelluLab的贡献！请参阅CONTRIBUTING.rst以获取有关如何贡献的指南。

资助与致谢

本代码的开发和维护得到瑞士联邦理工学院洛桑联邦理工学院（EPFL）蓝脑项目的研究中心以及瑞士联邦政府ETH委员会的资助。

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  • 作者： Blue Brain Project, EPFL
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