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BioCloudCentral.org, CloudMan, 和 Galaxy API库

项目描述

`Blend <http://blend.readthedocs.org/en/latest>`_ 是一个Python (2.6或更高版本)
库,用于与 `BioCloudCentral.org`_,`CloudMan`_ 和 `Galaxy`_'s
API交互。从概念上讲,它使得可以通过脚本和自动化过程进行
云基础设施的配置和扩展,以及在Galaxy中运行分析成为可能。在现实中,
它使得可以进行类似以下操作的事情:

- 通过API直接从您的本地机器创建CloudMan计算集群:

from blend.cloudman.launch import CloudManLaunch
cml = CloudManLaunch('<您的云访问密钥>', '<您的云密钥>')
cml.launch('Blend CloudMan', 'ami-<ID>', 'm1.small', 'password')
cml.get_status()

- 操作您的CloudMan实例并响应当前需求:

from blend.cloudman import CloudMan
cm = CloudMan("实例IP", "密码")
cm.initialize(type="Galaxy")
cm.add_nodes(3)
cluster_status = cm.get_status()
cm.remove_nodes(2)

- 通过简单的API与Galaxy交互:

from blend.galaxy import GalaxyInstance
gi = GalaxyInstance('<Galaxy IP>', key='您的API密钥')
libs = gi.libraries.get_libraries()
gi.workflows.show_workflow('工作流程ID')
gi.workflows.run_workflow('工作流程ID', input_dataset_map)

.. note:
尽管这个库允许您将这些三个服务融合成一个统一的单元,
但该库本身可以与任何单一服务一起使用,而不管其他服务如何。例如,
您可以使用它来仅操作CloudMan集群,或者编写与在您的笔记本电脑上运行
的Galaxy实例交互的脚本。

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blend-lib-0.12.tar.gz (300.3 kB 查看哈希值)

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