BioCloudCentral.org, CloudMan, 和 Galaxy API库
项目描述
`Blend <http://blend.readthedocs.org/en/latest>`_ 是一个Python (2.6或更高版本)
库,用于与 `BioCloudCentral.org`_,`CloudMan`_ 和 `Galaxy`_'s
API交互。从概念上讲,它使得可以通过脚本和自动化过程进行
云基础设施的配置和扩展,以及在Galaxy中运行分析成为可能。在现实中,
它使得可以进行类似以下操作的事情:
- 通过API直接从您的本地机器创建CloudMan计算集群:
from blend.cloudman.launch import CloudManLaunch
cml = CloudManLaunch('<您的云访问密钥>', '<您的云密钥>')
cml.launch('Blend CloudMan', 'ami-<ID>', 'm1.small', 'password')
cml.get_status()
- 操作您的CloudMan实例并响应当前需求:
from blend.cloudman import CloudMan
cm = CloudMan("实例IP", "密码")
cm.initialize(type="Galaxy")
cm.add_nodes(3)
cluster_status = cm.get_status()
cm.remove_nodes(2)
- 通过简单的API与Galaxy交互:
from blend.galaxy import GalaxyInstance
gi = GalaxyInstance('<Galaxy IP>', key='您的API密钥')
libs = gi.libraries.get_libraries()
gi.workflows.show_workflow('工作流程ID')
gi.workflows.run_workflow('工作流程ID', input_dataset_map)
.. note:
尽管这个库允许您将这些三个服务融合成一个统一的单元,
但该库本身可以与任何单一服务一起使用,而不管其他服务如何。例如,
您可以使用它来仅操作CloudMan集群,或者编写与在您的笔记本电脑上运行
的Galaxy实例交互的脚本。
库,用于与 `BioCloudCentral.org`_,`CloudMan`_ 和 `Galaxy`_'s
API交互。从概念上讲,它使得可以通过脚本和自动化过程进行
云基础设施的配置和扩展,以及在Galaxy中运行分析成为可能。在现实中,
它使得可以进行类似以下操作的事情:
- 通过API直接从您的本地机器创建CloudMan计算集群:
from blend.cloudman.launch import CloudManLaunch
cml = CloudManLaunch('<您的云访问密钥>', '<您的云密钥>')
cml.launch('Blend CloudMan', 'ami-<ID>', 'm1.small', 'password')
cml.get_status()
- 操作您的CloudMan实例并响应当前需求:
from blend.cloudman import CloudMan
cm = CloudMan("实例IP", "密码")
cm.initialize(type="Galaxy")
cm.add_nodes(3)
cluster_status = cm.get_status()
cm.remove_nodes(2)
- 通过简单的API与Galaxy交互:
from blend.galaxy import GalaxyInstance
gi = GalaxyInstance('<Galaxy IP>', key='您的API密钥')
libs = gi.libraries.get_libraries()
gi.workflows.show_workflow('工作流程ID')
gi.workflows.run_workflow('工作流程ID', input_dataset_map)
.. note:
尽管这个库允许您将这些三个服务融合成一个统一的单元,
但该库本身可以与任何单一服务一起使用,而不管其他服务如何。例如,
您可以使用它来仅操作CloudMan集群,或者编写与在您的笔记本电脑上运行
的Galaxy实例交互的脚本。
项目详情
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blend-lib-0.12.tar.gz 的哈希值
算法 | 哈希摘要 | |
---|---|---|
SHA256 | 41e4bf110b2c1fd325023cdedda6530120a5c8f738429e6a29efb8c7bf23c5a9 |
|
MD5 | 9f13ddabf88db4c55d78b57dc50d6e9b |
|
BLAKE2b-256 | 4ef6942a12d363dcecbeb5fd1659d7dae97425145dca08e01cb2440e38fba9c0 |