Blast-Besties

从BLAST输出文件中快速发现互为最佳对的BLAST对。

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  • 示例用法
    • 输入要求
    • 标准选项
  • 许可协议

安装Blast-Besties

安装Blast-Besties本地版本有3种选项。

1. 从本仓库克隆并作为本地Python包安装。

git clone https://github.com/Adamtaranto/blast-besties.git && cd blast-besties && pip install -e .

1. 直接从本git仓库pip安装。

pip install git+https://github.com/Adamtaranto/blast-besties.git

3. 从PyPi安装。

pip install blastbesties

示例用法

对每个蛋白质集进行BLASTp操作，如AvsB和BvsA。需要有效的对齐覆盖查询序列的90%，且e值小于0.001。

blastp -qcov_hsp_perc 90 -query A_prot.fa -subject B_prot.fa -out AvB.tab -evalue 0.001 -outfmt 6 -use_sw_tback
blastp -qcov_hsp_perc 90 -query B_prot.fa -subject A_prot.fa -out BvA.tab -evalue 0.001 -outfmt 6 -use_sw_tback

报告互为最佳匹配对，每个命中满足以下条件：e值小于等于0.001，命中长度大于等于40，bitscore大于等于100。

blastbesties -e 0.001 -l 40 -s 100 -a AvB.tab -b BvA.tab -o pairs.tab

输入要求

• 接受两个BLAST输出文件作为输入。SetA vs SetB，以及SetB vs SetA。
• BLAST输出格式6（表格格式）
• 命中必须按查询名称排序，然后按匹配质量降序排列 - 这是BLAST的默认行为。

标准选项

Usage: blastbesties [-h] [-v] -a BLASTAVB -b BLASTBVA [-l MINLEN] [-e EVAL]
                     [-s BITSCORE] [-o OUTFILE] [-d OUTDIR]

Options:

  # Info
  -h, --help        Show this help message and exit.
  -v, --version     Show program's version number and exit.
  
  # Input 
  -a, --blastAvB    Blast tab result file for fastaA query against fastaB
                    subject.
  -b, --blastBvA    Blast tab result file for fastaB query against fastaA
                    subject.
  
  # Settings
  -l, --minLen      Minimum length of hit to consider valid.
  -e, --eVal        Maximum e-value to consider valid pair.
  -s, --bitScore    Minimum bitscore to consider valid pair.

  # Output
  -o, --outFile     Write reciprocal blast pairs to this file.
  -d, --outDir      Directory for new sequence files to be written to.

许可协议

软件在MIT许可下提供。