允许读取Bio-Rad *.1sc图像/分析文件。
项目描述
Python包，用于读取、解析、转换Bio-Rad Quantity One软件生成的*.1sc文件。
文档在：http://biorad1sc-reader.readthedocs.io/
可选依赖项：numpy。如果存在，biorad1sc_reader中的图像操作将运行4倍到5倍更快。
还安装以下命令行可执行文件
- bio1sc2tiff
将*.1sc文件转换为*.tif图像。（输入 bio1sc2tiff --help）
- bio1scmeta
将每个*.1sc文件中包含的所有元数据报告到一个文本文件。（输入 bio1scmeta --help）
- bio1scread
报告*.1sc文件内部结构的详细信息。（输入 bio1scread --help）
当前状态
“Alpha”质量软件
API可能会更改
运行中无已知问题。
读取图像数据正常
从文件保存图像到新TIFF文件正常
Reader.save_img_as_tiff()
Reader.save_img_as_tiff_sc()
读取所有元数据正常
Reader.get_metadata()
Reader.get_metadata_compact()
从数据块7读取某些图像元数据正常
Reader.get_img_summary()
包含
扫描仪名称：<Scanner Name>
像素数量：(<img_size_x> x <img_size_y>)
图像面积：(<img_size_x> 毫米 x <img_size_y> 毫米)
扫描内存大小：<total_img_size> Kb
旧文件名：<old_file_name>
新文件名：<new_file_name>
<文件目录>
新图像已获取
另存为…
数量一 <Quantity One 版本字符串>
python2（不支持）
我现在不愿意支持python2
如果您需要python2支持，请自行解决。 :)
示例
# setup reader with input file
import bio1sc_reader
myreader = bio1sc_reader.Reader("my_biorad_file.1sc")
# get list/dict of all metadata in 1sc file
my_img_metadata = myreader.get_metadata()
# get a more succinct data structure of all metadata in 1sc file
my_img_metadata = myreader.get_metadata_compact()
# get a quick summary of some metadata about the image in the 1sc file
my_img_metadata = myreader.get_img_summary()
# Different options for writing image data out as a TIFF file
myreader.save_img_as_tif("unscaled_brightness.tif")
myreader.save_img_as_tif("unscaled_inverted_brightness.tif", invert=True)
myreader.save_img_as_tif_sc("scaled_brightness.tif")
myreader.save_img_as_tif_sc("scaled_brightness_more.tif", scale=0.8)
myreader.save_img_as_tif_sc("scaled_inverted_brightness.tif", invert=True)文件格式文档
biorad1sc_reader-0.7.0.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 5d68849c7a6c1d02e4ee7ad4e64bad7da87a42ad08c2c280b55b344503e10fee |
|
| MD5 | ddf7158a6caa1662c4a3315deecb5ca2 |
|
| BLAKE2b-256 | 1d910034d1e7915347533c952bc4aa828cde303f6e1504cfa134b5f9f3d3d619 |
biorad1sc_reader-0.7.0-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 4e4ebad34a3af57ef0880565659d82af994b7c5739c7e6e2c83eaf9393221a99 |
|
| MD5 | 9ceccf1c5d2f92aec7e39d67dcee23eb |
|
| BLAKE2b-256 | fd0772e4b7e065a2dbad4556c49453f34060c480974da8bf29ae32a44e9ec700 |
