Biolink模型是一个高级数据模型,旨在标准化生物知识库中的类型和关系。
项目描述
Biolink模型
Biolink模型: https://w3id.org/biolink/biolink-model.yaml
快速入门文档
要了解biolink-model的概览,请观看Chris Mungall在ICBO 2020的演讲:https://www.youtube.com/watch?v=RE1hFm8lvJA&t=2s。
参考以下资源以快速了解Biolink模型
请参阅Biolink模型文档,了解如何理解、维护和使用该模型。
简介
Biolink模型的目标是提供生物学实体(基因、疾病、表型、通路、个体、物质等)及其属性、关系的高级数据模型,并列举它们如何相互关联的方式。
这种表示与存储技术或元模型(Solr文档、neo4j/属性图、RDF/OWL、JSON、CSV等)无关。为这些提供不同的映射。
Biolink模型的规范是一个使用linkml构建的单一YAML文件。YAML的基本元素包括
- 类定义:表示上层类的定义,包括“命名事物”和“关联”
- 槽定义:定义槽(也称为属性),可用于将此类成员与其他类或数据类型相关联。槽共同指代谓词、节点属性和边属性
该模型目前正在以下项目中使用
组织
主要真实来源是biolink-model.yaml。这是一个旨在以原生形式相对简单地进行查看和编辑的YAML文件。
yaml定义目前用于派生
引用Biolink模型
Unni DR, Moxon SAT, Bada M, Brush M, Bruskiewich R, Caufield JH, Clemons PA, Dancik V, Dumontier M, Fecho K, Glusman G, Hadlock JJ, Harris NL, Joshi A, Putman T, Qin G, Ramsey SA, Shefchek KA, Solbrig H, Soman K, Thessen AE, Haendel MA, Bizon C, Mungall CJ, The Biomedical Data Translator Consortium (2022). Biolink Model: A universal schema for knowledge graphs in clinical, biomedical, and translational science. Clin Transl Sci. Wiley; 2022 Jun 6; https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/cts.13302
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