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无参考序列变异发现,可扩展到大型真核基因组

项目描述

kevlar build status PyPI version Test coverage kevlar documentation Docker build status MIT licensed

 What if I told you we don't need alignments to find variants?

kevlar

Daniel Standage, 2016-2019
https://kevlar.readthedocs.io

欢迎来到 kevlar,这是一款用于在不将读取序列映射到参考基因组的情况下预测 从头开始 基因变异的软件!kevlar基于 k-mer 富度度的方法可以同时调用单核苷酸变异(SNVs)、多核苷酸变异(MNVs)、插入/删除变异(indels)和结构变异(SVs),使用单个简单的模型。此软件在MIT许可证下免费使用。

我可以在哪里找到kevlar的在线信息?
  • 源代码库:https://github.com/dib-lab/kevlar
  • 文档:https://kevlar.readthedocs.io
  • 稳定版本:https://github.com/dib-lab/kevlar/releases
  • 问题跟踪器:https://github.com/dib-lab/kevlar/issues

如果您对kevlar有任何疑问或需要帮助,请首先通过GitHub问题跟踪器联系。

我该如何安装kevlar?

有关完整说明,请参阅kevlar文档,但对于迫不及待的用户,可以尝试以下步骤。

pip3 install git+https://github.com/dib-lab/khmer.git
pip3 install biokevlar
我该如何使用kevlar?
  • 安装说明:http://kevlar.readthedocs.io/en/latest/install.html
  • 快速入门指南:http://kevlar.readthedocs.io/en/latest/quick-start.html
  • 教程:http://kevlar.readthedocs.io/en/latest/tutorial.html
我如何贡献?

我们欢迎社区对kevlar项目的贡献!如果您有兴趣修改kevlar或为其持续开发做出贡献,请随时联系我们或提交拉取请求!

kevlar软件是数据密集型生物学实验室计算基因组学实验室在加州大学戴维斯分校的项目。

项目详情


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源代码分布

biokevlar-0.7.tar.gz (26.1 MB 查看散列值)

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