bioio-ome-zarr

一个使用ome-zarr读取OME ZARR图像的BioIO阅读器插件。

文档

在GitHub页面网站上查看完整文档 - 那里的通用使用和安装说明将适用于此包。

有关该包依赖的基础阅读器的信息可以在bioio-base存储库中找到 这里

安装

稳定版本： pip install bioio-ome-zarr
开发头： pip install git+https://github.com/bioio-devs/bioio-ome-zarr.git

示例用法（请参阅完整文档以获取更多示例）

与bioio一起安装bioio-ome-zarr

pip install bioio bioio-ome-zarr

此示例显示了一个简单的用法，即通过显式将此Reader传递到BioImage中，仅访问图像的像素数据。将Reader传递到BioImage实例是可选的，因为bioio将自动检测已安装的插件并自动选择支持传递的文件的最新安装插件。

from bioio import BioImage
import bioio_ome_zarr

img = BioImage("my_file.zarr", reader=bioio_ome_zarr.Reader)
img.data

从AWS S3读取

要从私有S3存储桶读取，必须配置凭证。公共存储桶可以不使用凭证访问。

from bioio import BioImage
path = "https://allencell.s3.amazonaws.com/aics/nuc-morph-dataset/hipsc_fov_nuclei_timelapse_dataset/hipsc_fov_nuclei_timelapse_data_used_for_analysis/baseline_colonies_fov_timelapse_dataset/20200323_09_small/raw.ome.zarr"
image = BioImage(path)
print(image.get_image_dask_data())

如果使用 s3:// 路径访问公共 S3 存储桶，必须在 fs_kwargs 参数中提供一个包含 anon: True 的字典给 BioImage 构造函数。

from bioio import BioImage
path = "s3://allencell/aics/nuc-morph-dataset/hipsc_fov_nuclei_timelapse_dataset/hipsc_fov_nuclei_timelapse_data_used_for_analysis/baseline_colonies_fov_timelapse_dataset/20200323_09_small/raw.ome.zarr"
image = BioImage(path, fs_kwargs=dict(anon=True))
print(image.get_image_dask_data())

问题

点击此处一次性查看 bioio-devs 组织中的所有开放问题 或检查此存储库的问题标签。

开发

有关开发代码的相关信息，请参阅 CONTRIBUTING.md。