bioio-bioformats

一个用于使用bioformats读取许多文件格式（如此处所示）的BioIO读取器插件。

文档

请参阅GitHub页面上的完整文档 - 那里的通用使用和安装说明也适用于此包。

有关此包依赖的基础阅读器的信息可以在bioio-base存储库中找到，请在此处查看

安装

稳定版本： pip install bioio-bioformats
开发头： pip install git+https://github.com/bioio-devs/bioio-bioformats.git

特殊安装说明

此包使用bioformats，它依赖于Java

要使用conda安装Java和maven，请运行

conda install -c conda-forge scyjava

您可能需要在安装后关闭/重新激活您的环境。如果您仍然收到JVMNotFoundException错误，请尝试如下设置JAVA_HOME

Mac / Linux

export JAVA_HOME=$CONDA_PREFIX

Windows

set JAVA_HOME=%CONDA_PREFIX%\\Library

示例用法（请参阅完整文档以获取更多示例）

与bioio一起安装bioio-bioformats

pip install bioio bioio-bioformats

本例展示了如何通过显式地将此Reader传递给BioImage，来简单地访问图像的像素数据。将Reader传递给BioImage实例是可选的，因为bioio将自动检测已安装的插件并自动选择支持传入文件的最新插件。

from bioio import BioImage
import bioio_bioformats

img = BioImage("my_file.tiff", reader=bioio_bioformats.Reader)
img.data

问题

点击此处一次性查看bioio-devs组织中的所有开放问题或检查此存储库的问题标签。

开发

有关开发代码的信息，请参阅CONTRIBUTING.md。