BioIO

纯Python中用于显微镜图像的图像读取、元数据转换和图像写入

文档

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示例用法（请参阅完整文档以获取更多示例）

使用pip安装bioio以及OME TIFF和OME ZARR插件（此示例将不会使用OME ZARR插件）

pip install bioio bioio-ome-tiff bioio-ome-zarr

from bioio import BioImage

# Get a BioImage object
img = BioImage("my_file.tiff")  # selects the first scene found
img.data  # returns 5D TCZYX numpy array
img.xarray_data  # returns 5D TCZYX xarray data array backed by numpy
img.dims  # returns a Dimensions object
img.dims.order  # returns string "TCZYX"
img.dims.X  # returns size of X dimension
img.shape  # returns tuple of dimension sizes in TCZYX order
img.get_image_data("CZYX", T=0)  # returns 4D CZYX numpy array

# Get the id of the current operating scene
img.current_scene

# Get a list valid scene ids
img.scenes

# Change scene using name
img.set_scene("Image:1")
# Or by scene index
img.set_scene(1)

# Use the same operations on a different scene
# ...

插件注册表

bioio通过特定的插件处理多种不同的图像类型。bioio-dev支持的插件可以在这个注册表中找到。

每个读取插件应紧密遵循bioio-base中规定的规范。因此，读者插件不提供自己的文档是常见的，用户应查阅bioio_base.reader.Reader以获取底层读取API的API文档。我们鼓励插件作者在更改或添加新功能到其发布的图像读取器时发布自己的文档。

问题

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