bioformats_jar

已弃用

此包已弃用。您应该使用 scyjava 下载和导入jar。此包中的功能可以使用scyjava如下实现

import jpype
import scyjava

scyjava.config.endpoints.append('ome:formats-gpl:6.7.0')
scyjava.start_jvm()
loci = jpype.JPackage("loci")
loci.common.DebugTools.setRootLevel("ERROR")

此包仅保留用于已依赖此包的包。

用法

from bioformats_jar import get_loci, set_loci_log_level

# start the JVM and get the loci module
loci = get_loci()

# optionally:
set_loci_log_level("DEBUG")  # by default "ERROR"

以下环境变量也可以使用

• BIOFORMATS_VERSION - 要使用的bioformats版本。默认为 "LATEST"
• BIOFORMATS_LOG_LEVEL - loci工具的日志级别。默认为 "ERROR"
• BIOFORMATS_LICENSE - 要使用的bioformats许可版本。必须是 "gpl" 或 "bsd"。默认为 "gpl"

另请参阅

• Bioformats 文档
• Javadocs 与loci API

安装

pip install bioformats-jar

conda install -c conda-forge bioformats-jar