将Wikipathways转换为BEL的软件包
项目描述
此软件包允许通过包装其RESTful API，用WikiPathways信息丰富BEL网络。此外，它集成在ComPath环境中，用于比较通路数据库。
安装 
bio2bel_wikipathways 可以轻松地从 PyPI 安装，您可以在您喜欢的终端中输入以下代码
$ python3 -m pip install bio2bel_wikipathways或者从 GitHub 上的最新代码安装
$ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/wikipathways.git@master设置
WikiPathways 可以从 Python REPL 或自动安装的命令行工具下载并填充。
以下资源将自动安装并加载，以完全填充数据库的表
Python REPL
>>> import bio2bel_wikipathways
>>> wikipathways_manager = bio2bel_wikipathways.Manager()
>>> wikipathways_manager.populate()命令行工具
bio2bel_wikipathways populate其他命令行工具
运行管理员站点以进行简单的查询和探索
python3 -m bio2bel_wikipathways web（http://localhost:5000/admin/）导出基因集以进行程序性使用
python3 -m bio2bel_wikipathways export
引用
Slenter, D.N. 等. WikiPathways：一个将代谢组学与其他组学研究连接起来的多用途通路数据库. Nucleic Acids Research, (2017) doi.org/10.1093/nar/gkx1064
Kutmon, M. 等. WikiPathways：捕获通路知识的全部多样性. Nucl. Acids Res., 44, D488-D494 (2016) doi:10.1093/nar/gkv1024
Kelder, T. 等. WikiPathways：建立基于生物通路的研究社区. Nucleic Acids Res. 2012 Jan;40(Database issue):D1301-7
关闭
bio2bel_wikipathways-0.2.3.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 6f7b46ad8acea52ef11b9c3cac41ec0793af8df31ad224c212f35d982b9ec625 |
|
| MD5 | cca2fe5af3a9b00849ecfab3dfcc8067 |
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| BLAKE2b-256 | 9e48497da9cb2547a7cec72e5ee24d6034c0b55f25fe0c3cfbdc5db8db029530 |
