Reactome RESTful API的包装器
项目描述
此包通过包装其RESTful API，允许通过Reactome信息丰富BEL网络。此外，它集成在ComPath环境中，用于途径数据库比较。
安装
可以使用pip3 install git+https://github.com/bio2bel/reactome.git安装此代码
这两个资源将与此包一起安装，并且可以通过在终端运行以下命令快速加载
python3 -m bio2bel_hgnc populatepython3 -m bio2bel_chebi populate
安装 
bio2bel_reactome 可以通过以下命令在您喜欢的终端中轻松从 PyPI 安装
$ python3 -m pip install bio2bel_reactome或者从 GitHub 的最新代码中安装
$ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/reactome.git@master设置
Reactome 可以通过 Python REPL 或自动安装的命令行工具下载和填充。
以下资源将被自动安装和加载，以便完全填充数据库中的表格
Python REPL
>>> import bio2bel_reactome
>>> reactome_manager = bio2bel_reactome.Manager()
>>> reactome_manager.populate()命令行工具
bio2bel_reactome populate其他命令行工具
运行管理网站进行简单的查询和探索
python3 -m bio2bel_reactome web(http://localhost:5000/admin/)导出基因集以供编程使用
python3 -m bio2bel_reactome export
引用
Fabregat, Antonio 等人。“Reactome通路知识库。”Nucleic Acids Research 44.Database issue (2016): D481–D487. PMC. 网页。2017年10月6日。
Croft, David 等人。“Reactome通路知识库。”Nucleic Acids Research 42.Database issue (2014): D472–D477. PMC. 网页。2017年10月6日。
关闭
bio2bel_reactome-0.2.3.tar.gz 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | eea5822b6bae1b0712ef7d742b1cc7800cfecd7a4398261e08c3067c5205aaae |
|
| MD5 | 18608ab32e69cf9f7767572cf3c550d9 |
|
| BLAKE2b-256 | e06f51a767f5cad75858ac8e19eec476ae7a1aafe917442db8ddf3a8058c7b36 |
