将MSigDB基因集转换为BEL的包
项目描述
此包允许通过MSigDB信息丰富BEL网络。此外，它集成在ComPath环境中进行通路数据库比较。
如果您觉得这个包很有用，请考虑引用[domingofernandez2018]
Domingo-Fernandez, D., 等 (2018)。 ComPath：探索、分析和整理跨通路数据库映射的生态系统。 Npj Systems Biology and Applications， __5__(1)， 3。
警告 此包在BEL中创建 partOf 关系。MSigDB 不包含机制关系，但它包含几个来源（KEGG、WikiPathways、Reactome、PID）的简化，这些来源确实包含机制关系。这些来源可以使用 PathMe 项目 转换为BEL。
安装 
bio2bel_msig 可以通过在您喜欢的终端中输入以下代码轻松地从 PyPI 安装：
$ pip install bio2bel_msig或者从 GitHub 的最新代码中，以开发模式使用以下命令安装：
$ git clone https://github.com/bio2bel/msig.git
$ cd msig
$ pip install -e .设置
该包假定您已根据 MSigDB 网站上所述的说明和条款下载了基因集。
环境变量 BIO2BEL_MSIG_PATH 应设置为 GMT 格式基因集文件存储的目录。可选地，这可以直接通过 REPL 中的 populate() 关键字参数或命令行实用工具中的标志来覆盖。
Python REPL
>>> import bio2bel_msig
>>> msig_manager = bio2bel_msig.Manager()
>>> msig_manager.populate()命令行实用工具
bio2bel_msig populate其他命令行实用工具
运行一个管理站点以进行简单的查询和探索
python3 -m bio2bel_msig web（http://localhost:5000/admin/）导出基因集以供编程使用
python3 -m bio2bel_msig export
引用
Subramanian, A., 等人。 (2005)。基因集富集分析：一种基于知识的方法，用于解释全基因组表达谱。美国国家科学院院刊，102(43)，15545-15550。
Liberzon, A.，等人。 (2011)。分子特征数据库（MSigDB）3.0。生物信息学，27(12)，1739-1740。
下载文件
下载适合您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解有关 安装包 的更多信息。
源分发
构建分发
bio2bel_msig-0.2.0.tar.gz 的散列
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 3de569cf2416105c65435e8f504404a4656395ba3d85402db59e3f64890c5810 |
|
| MD5 | 3e7bf44a6b82aaaa0518493ce7bdc775 |
|
| BLAKE2b-256 | fd69194677d40b3bfc6b74e85914990590bfe1d3628825193c8ccec05ca4a9c3 |