将KEGG基因集转换为BEL的软件包
项目描述
此软件包通过封装其RESTful API允许使用KEGG信息丰富BEL网络。此外，它已集成到ComPath环境中进行通路数据库比较。
如果您觉得这个软件包有用，请考虑引用[domingofernandez2018]
多明戈-费尔南德斯，D. 等（2018）。ComPath：一个用于探索、分析和整理跨通路数据库映射的生态系统。[链接] Npj Systems Biology and Applications，__5__(1)，3。
警告 此包在BEL中创建partOf关系，但不会将KEGG机制关系转换为BEL。该功能已在PathMe项目中实现。
安装 
bio2bel_kegg 可以通过以下代码轻松从 PyPI 安装
$ pip install bio2bel_kegg或者从 GitHub 上的最新代码以开发模式安装
$ git clone https://github.com/bio2bel/kegg.git
$ cd kegg
$ pip install -e .设置
KEGG 可以通过 Python REPL 或自动安装的命令行工具下载并填充。
Python REPL
>>> import bio2bel_kegg
>>> kegg_manager = bio2bel_kegg.Manager()
>>> kegg_manager.populate()命令行工具
bio2bel_kegg populate其他命令行工具
运行管理站点以进行简单的查询和探索
python3 -m bio2bel_kegg web（http://localhost:5000/admin/）导出基因集以供编程使用
python3 -m bio2bel_kegg export
引用
加藤，远见智，M.，田中，M.，佐藤，Y.，和森島，K.；KEGG：基因组、通路、疾病和药物的新视角。Nucleic Acids Res. 45，D353-D361（2017）。
加藤，M.，佐藤，Y.，川岛，M.，远见智，M.，和田中，M.；KEGG 作为基因和蛋白质注释的参考资源。Nucleic Acids Res. 44，D457-D462（2016）。
加藤，M. 和 Goto，S.；KEGG：京都基因与基因组百科全书。Nucleic Acids Res. 28，27-30（2000）。
下载文件
下载适用于您平台的项目文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于 安装软件包 的信息。