bio2bel-expasy 0.2.0

安装

bio2bel_expasy 可以通过在您喜欢的终端中运行以下代码从 PyPI 轻松安装

$ python3 -m pip install bio2bel_expasy

或者从 GitHub 上的最新代码安装

$ python3 -m pip install git+https://github.com/bio2bel/expasy.git@master

或者查看 安装说明。

设置

ExPASy可以通过Python REPL或自动安装的命令行工具下载并填充。

>>> import bio2bel_expasy
>>> expasy_manager = bio2bel_expasy.Manager()
>>> expasy_manager.populate()

bio2bel_expasy populate

程序接口

为了丰富BEL图中的蛋白质及其酶类，使用

>>> from bio2bel_expasy import enrich_proteins
>>> graph = ... # get a BEL graph
>>> enrich_proteins(graph)

引用

Gasteiger, E.，等。(2003)。 ExPASy：深入蛋白质知识和分析的蛋白质组学服务器。Nucleic Acids Research，31(13)，3784–8。