Bgen文件格式读取器

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项目描述

bgen-reader

一个bgen文件格式读取器。

Bgen是一种用于存储大型遗传数据集的文件格式。它支持未配对基因型和配对单倍型数据，具有可变的杂合度和等位基因数量。它旨在提供紧凑的数据表示，同时不牺牲变体访问性能。

此Python包是围绕bgen库的一个包装器，bgen库是一个低内存占用读取器，可以有效地读取bgen文件。它完全支持bgen格式规范：1.2和1.3；以及它们的可选压缩格式。

安装

可以通过conda安装

conda install -c conda-forge bgen-reader

或者通过pip

pip install bgen-reader

文档

请参考https://bgen-reader.readthedocs.io。

故障排除

致命错误：bgen.h：没有找到文件或目录

这意味着bgen C库未安装（或找不到）。请按照https://github.com/limix/bgen中的说明安装它，然后再次尝试安装bgen-reader。

问题

如果您遇到任何问题，请提交。

作者

许可

本项目受MIT许可许可。

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源代码分发

bgen-reader-4.0.8.tar.gz (37.6 kB 查看哈希值)

上传时间 源代码

构建分发

bgen_reader-4.0.8-py3-none-any.whl (44.5 kB 查看哈希值)

上传时间 Python 3

由以下机构支持