bel-enrichment 0.0.5

安装

bel_enrichment 可以使用以下命令从PyPI安装

$ pip install bel_enrichment

可以使用以下命令从GitHub安装最新版本

$ pip install git+https://github.com/bel-enrichment/bel-enrichment.git

您需要在 ~/.config/indra/config.ini 文件中设置 INDRA_DB_REST_URL 和 INDRA_DB_REST_API_KEY。请联系INDRA团队获取凭据。

理性富集

根据使用PyBEL预先编译的给定BEL图生成一个包含管理表单的文件夹。使用 --info-cutoff 指定最小信息密度截止值。1.0 表示节点没有边，0.5 表示一条边，依此类推。使用 --belief-cutoff 指定添加到表单的最小信念分数。更高的信念分数意味着陈述已经正确的可能性更大。

$ bel-enrichment from-graph zhang2011.bel --directory ~/Desktop/zhang-enrichment

根据使用PyBEL预先编译的给定BEL图中的信息内容对基因进行排名。

$ bel-enrichment ranks zhang2011.bel

基于文档的编辑

如果您想根据PubMed标识符（或它们的列表）创建管理表单，请这样做

$ bel-enrichment from-pmids 20585587 20585588 > ~/Desktop/document_based.tsv

基于主题的编辑

如果您想根据实体创建管理表单，请这样做

$ bel-enrichment from-agents MAPT GSK3B > ~/Desktop/topic_based.tsv

参考文献