bel-commons 0.3.1

安装

可以使用以下代码轻松从PyPI安装BEL Commons：

$ pip install bel_commons

使用以下命令从GitHub获取最新代码：

$ python3 -m pip install git+https://github.com/bel-commons/bel-commons.git

建议使用类似PostgreSQL的关系数据库管理系统，并安装相应的连接器

$ python3 -m pip install psycopg2-binary

运行BEL Commons

可以使用以下命令轻松运行测试服务器：

$ bel-commons run

还可以使用更强大的服务器，如gunicorn，例如：

$ gunicorn bel_commons.wsgi:flask_app

使用解析器运行

要运行解析器，你需要一个消息队列的实例，例如RabbitMQ（或Celery支持的任何其他消息队列Celery），一个结果后端，例如Redis，以及一个工作进程。如果你想这样做，最好在Docker中运行。

使用Docker运行

从GitHub克隆此存储库

$ git clone https://github.com/bel-commons/bel-commons.git
$ cd bel-commons

创建一个名为.env的文件并生成SECRET_KEY和SECURITY_PASSWORD_SALT。

SECRET_KEY=mypassword
SECURITY_PASSWORD_SALT=mypassword
BUTLER_NAME="BEL Commons Butler"
BUTLER_EMAIL=bel@example.com
BUTLER_PASSWORD=butlerpassword

运行docker compose

$ docker-compose up

暴露的端口

• 5002: BEL Commons Web应用

• 5432: PostgreSQL数据库

重置数据库

当你不得不从头开始时

1. bel-commons manage drop将删除数据库并输出用户列表

2. bel-commons manage load将自动添加最近导出的用户列表

3. bel-commons manage examples load将自动加载一些示例网络和数据集

支持者

此项目得到了多个组织的支持

• 波恩大学

• 波恩-亚琛国际信息中心

• 弗劳恩霍夫算法与科学计算研究所

• 弗劳恩霍夫机器学习中心

• IMI（在AETIONOMY项目中）

标志

BEL Commons 标志 由Scott Colby设计。