基组交换
项目描述
基组交换网站
如果您正在寻找基组交换网站(可以更方便地浏览和下载这些数据),请访问 https://www.basissetexchange.org
概述
此项目是一个包含用于量子化学计算的基组的库。此外,此库还具备基组数据的操作功能。
此项目的目标是创建一个一致、详尽管理的基组数据库,并为量子化学提供标准命名法。
此库中的数据正在被彻底评估,并对照相关文献、软件实现和其他数据库(如有)进行校验。PNNL基组交换的原始数据也可用。
此库用于构成新基组交换网站的后端。
此项目由分子科学软件研究所(https://molssi.org)和环境影响分子科学实验室(https://www.emsl.pnl.gov)合作完成。
引用
在发布使用基组交换软件获得的结果时,请引用
- 新型基集交换:分子科学界的一个开放、最新的资源 Benjamin P. Pritchard, Doaa Altarawy, Brett Didier, Tara D. Gibson, 和 Theresa L. Windus J. Chem. Inf. Model. 2019, 59(11), 4814-4820 doi:10.1021/acs.jcim.9b00725
引用之前的EMSL/PNNL基集交换,请参考以下文献
- 数据库在支持计算化学计算中的作用, Feller, D., J. Comp. Chem. 1996, 17(13), 1571-1586, doi:10.1002/(SICI)1096-987X(199610)17:13<1571::AID-JCC9>3.0.CO;2-P
- 基集交换:计算科学社区数据库, Schuchardt, K.L., Didier, B.T., Elsethagen, T., Sun, L., Gurumoorthi, V., Chase, J., Li, J., 和 Windus, T.L. J. Chem. Inf. Model. 2007, 47(3), 1045-1052, doi:10.1021/ci600510j
文档
完整的用户和开发者文档可在https://molssi-bse.github.io/basis_set_exchange找到。
项目概述及其设计也可在https://molssi-bse.github.io/basis_set_exchange/project_doc.html找到。
命令行界面
此库还包括一个命令行界面。有关如何使用它,请参阅https://molssi-bse.github.io/basis_set_exchange/bse_cli.html。
安装
此项目可通过pip/PyPI进行安装。
pip install basis_set_exchange
如果从github检出,您可以对Python目录进行本地安装
pip install -e .
测试
安装后,可以使用py.test -v
运行测试。可以使用py.test --runslow
运行彻底(但非常长)的测试。
示例
import basis_set_exchange as bse
# Obtain the STO-3G basis set in nwchem format (as a string) for hydrogen and carbon
bse.get_basis('STO-3G', elements=[1,6], fmt='nwchem')
# Obtain the references for the above
bse.get_references('STO-3G', elements=[1,6], fmt='txt')
有关更多信息,请参阅https://molssi-bse.github.io/basis_set_exchange
命令行
与上述相同,但使用命令行
$ bse get-basis sto-3g nwchem --elements=1,6
$ bse get-refs sto-3g txt --elements=1,6
许可
本项目根据BSD 3-Clause许可证发布。有关详细信息,请参阅LICENSE。
项目详情
下载文件
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