tsconcat

BIDS应用程序和Python库，用于连接MRI时间序列。

受Cho等人2021年启发。

功能

• 将来自多个数据集、会话、受试者或运行的多组BOLD时间序列连接到一个文件中。
• 干运行模式以检查输出目录的外观。
• 模拟模式以生成与bids2table兼容的parquet输出目录。

安装

pip install git+https://github.com/childmindresearch/tsconcat

快速入门

ba-tsconcat /path/to/input/bids /path/to/output group --concat ses --dry_run

用法

ba-tsconcat --help
usage: ba-tsconcat [-h] [-c CONCAT] [-d] [-f] bids_dir output_dir {group}

Concatenate MRI timeseries.

positional arguments:
  bids_dir              Input BIDS folder path.
  output_dir            Output BIDS folder path.
  {group}               Processing stage, must be "group".

options:
  -h, --help            show this help message and exit
  -c CONCAT, --concat CONCAT
                        Concat across. Can be any combination of dataset, sub, ses, run separated by spaces. Output data will be grouped by the set difference.
  -d, --dry_run         Dry run. Print output directory structure instead of actually doing something. If this is enabled 'bids_dir' may be a path to a bids2table parquet directory.
  -f, --fake            Fake output. Output a bids2table parquet directory instead of actually doing something.

链接或参考

• 连接fMRI数据对功能连接组可靠性影响的评估（Cho等人2021年）
• bids2table