axel-lab-to-nwb

NWB转换脚本和教程。与Axel Lab合作。

安装

要克隆存储库并设置conda环境，请执行以下操作：

$ git clone https://github.com/ben-dichter-consulting/axel-lab-to-nwb.git
$ conda env create -f axel-lab-to-nwb/make_env.yml
$ source activate convert_to_nwb

或者，要直接在现有环境中安装

$ pip install axel-lab-to-nwb

使用

激活正确的环境后，转换函数可以使用不同的形式使用

1. 从Python脚本中导入和运行
以下是一个示例：我们将从存储在相同实验中但存储在不同.npz文件中的数据中获取数据，并将其保存到单个.nwb文件中。

from axel_lab_to_nwb import conversion_function

source_paths = {}
source_paths['processed data'] = {'type': 'file', 'path': PATH_TO_FILE}
source_paths['sparse matrix'] = {'type': 'file', 'path': PATH_TO_FILE}
source_paths['ref image'] = {'type': 'file', 'path': PATH_TO_FILE}

f_nwb = 'fly2.nwb'

metafile = 'metafile.yml'

conversion_function(source_paths=source_paths,
                    f_nwb=f_nwb,
                    metafile=metafile,
                    plot_rois=False)

2. 命令行
同样，可以从终端的命令行调用转换函数

$ python conversion_module.py [processed_data_file] [sparse_matrix_file] [ref_image_file] 
  [output_file] [metadata_file]

3. 图形用户界面
要使用GUI，只需从终端运行辅助函数nwb_gui.py

$ python nwb_gui.py

4. 教程
在教程中，您还可以找到包含转换步骤的Jupyter笔记本。