autoreject 0.4.3

autoreject

这是一个用于自动拒绝脑磁图/电图（M/EEG）数据中的坏试验和修复坏传感器的库。

文档可以在以下链接中找到

• 对于 稳定发布版

• 对于 最新（开发）版本

pip install -U autoreject

conda install -c conda-forge autoreject

pip install https://api.github.com/repos/autoreject/autoreject/zipball/master

python -c 'import autoreject'

快速入门

开始使用最简单的方法是复制以下三行代码到您的脚本中

>>> from autoreject import AutoReject
>>> ar = AutoReject()
>>> epochs_clean = ar.fit_transform(epochs)  # doctest: +SKIP

这将自动清理使用 MNE-Python 读取的 epochs 对象。要获取拒绝字典，只需执行

>>> from autoreject import get_rejection_threshold
>>> reject = get_rejection_threshold(epochs)  # doctest: +SKIP

我们还实现了来自 PREP 流程 的 RANSAC（有关 PREP 流程的完整实现，请参阅 PyPREP）。API 与之相同

>>> from autoreject import Ransac
>>> rsc = Ransac()
>>> epochs_clean = rsc.fit_transform(epochs)  # doctest: +SKIP

有关更多详细信息，请查看自动检测和修复坏epochs的示例。

错误报告

请使用 GitHub 问题跟踪器 报告错误。

引用

[1] Mainak Jas，Denis Engemann，Federico Raimondo，Yousra Bekhti 和 Alexandre Gramfort，"Automated rejection and repair of bad trials in MEG/EEG." In 6th International Workshop on Pattern Recognition in Neuroimaging (PRNI)，2016。

[2] Mainak Jas，Denis Engemann，Yousra Bekhti，Federico Raimondo 和 Alexandre Gramfort. 2017. "Autoreject: Automated artifact rejection for MEG and EEG data". NeuroImage，159，417-429。