用于分析势能表面（PESs）的库，并使用由此得到的PES描述符来构建力场参数。
项目描述
自动力场优化扩展 0.10.2
Auto-FOX 是一个用于分析势能表面（PESs）的库，并使用由此得到的PES描述符来构建力场参数。更多详细信息请参阅文档。
当前实现
此软件包是进行中的工作；以下功能目前实现
MultiMolecule类，一个用于处理和计算势能面的类。（1）
多XYZ读取器。（2）
径向和角度分布生成器（RDF & ADF）。（《a href="https://auto-fox.readthedocs.io/en/latest/1_rdf.html" rel="nofollow">3）
均方根位移生成器（RMSD）。（《a href="https://auto-fox.readthedocs.io/en/latest/2_rmsd.html#root-mean-squared-displacement" rel="nofollow">4）
均方根波动生成器（RMSF）。（《a href="https://auto-fox.readthedocs.io/en/latest/2_rmsd.html#root-mean-squared-fluctuation" rel="nofollow">5）
用于描述纳米晶体或溶解溶质中壳结构等工具。（《a href="https://auto-fox.readthedocs.io/en/latest/2_rmsd.html#discerning-shell-structures" rel="nofollow">6）
蒙特卡洛力场参数优化器。（《a href="https://auto-fox.readthedocs.io/en/latest/4_monte_carlo.html" rel="nofollow">7）
使用 Auto-FOX
提供了一些基本示例的输入文件位于 FOX.examples 目录。
CdSe量子点的MD轨迹示例包含在 FOX.data 目录。
上述轨迹的绝对路径+文件名可以通过以下方式获取
>>> from FOX import example_xyz更多示例和详细描述请参阅 文档。
安装
Anaconda环境
尽管这不是强制的，但强烈建议使用Anaconda的虚拟环境。
Anaconda自带内置安装程序；针对广泛操作系统提供更详细的安装说明。
参见 Anaconda文档。
可以通过分别输入以下内容来创建、启用和禁用Anaconda环境：
创建环境： conda create -n FOX -c conda-forge python pip
启用环境： conda activate FOX
禁用环境： conda deactivate
安装 Auto-FOX
如果使用Conda，启用环境： conda activate FOX
使用PyPi安装 Auto-FOX： pip install auto-FOX --upgrade
恭喜，Auto-FOX 已安装并准备使用！
可选依赖项
Auto-FOX 生成数据的绘图需要 Matplotlib。Matplotlib 由PyPi和Anaconda共同提供。
Anaconda: conda install --name FOX -y -c conda-forge matplotlib
PyPi: pip install matplotlib
并行构建角度分布函数需要 DASK。
Anaconda: conda install -name FOX -y -c conda-forge dask
一些.psf相关配方需要RDKit。
Anaconda: conda install -name FOX -y -c conda-forge rdkit
PyPi: pip install rdkit
下载文件
下载适用于您的平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源代码分发
构建分发
Auto-FOX-0.10.2.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 6765ce8fc44006c945874d9d685876c385c078b80c89df653c8bca7ccb242471 |
|
| MD5 | b676d0a1152bfea635ca5acaa376111d |
|
| BLAKE2b-256 | 80a7ad2ab6a6d47def844f80fa33d2ce795b593be678d2ffdf6a646a330d2915 |
Auto_FOX-0.10.2-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 49c8793fca75dae68e2b9e3b13d1a60849c967e50feddd0efa83291c3e326c26 |
|
| MD5 | a8579377f66e734edfee55ca50b6e1d6 |
|
| BLAKE2b-256 | 587bd6e948dccec4b4af666e2257e96bad8debca4e43027286b84402fb292cb3 |