基于隔室模型的动态系统工具箱，包括成本和优化
项目描述
Atomica
Atomica是一个隔室模型的仿真引擎。它可以用于模拟疾病流行、医疗保健连锁反应以及许多其他事物。
有关详细文档，请访问https://atomica.tools/docs
安装
Atomica仅适用于Python 3。因为我们使用Python 3.7进行开发，因此字典顺序可能相关（尽管我们在顺序重要的地方努力使用通过Sciris的有序字典）。因此，我们只官方支持Python 3.7，因为这是第一个保证所有字典排序的Python版本。
Atomica通过PyPI分发，PyPI版本对应于此存储库的master分支。要通过PyPI安装，只需运行
pip install atomica
安装 numpy、scipy 和 matplotlib 将通过 pip 自动完成，因为它们是 Atomica 的依赖项。然而，在实际操作中，这些包可能需要系统级别的配置，因此通常最好事先单独安装它们。我们推荐使用 Anaconda，它便于跨平台安装二进制文件和依赖项，如 QT。我们还建议在 Anaconda 环境中工作。
您也可能希望在安装 numpy 等之前先安装 mkl 以提高性能。例如：
conda install mkl
conda install numpy scipy matplotlib
Git 安装
如果您想安装 Atomica 的不同分支，或者计划修改 Atomica 的源代码，您需要通过 Git 而不是通过 PyPI 安装 Atomica。这可以通过以下操作完成：
git clone https://github.com/atomicateam/atomica.git
cd atomica
pip install -e .
运行测试
Atomica 包含一系列测试，其中一些会自动运行，而其他则是手动使用的。自动测试套件可以使用 pytest 执行，并且可以使用 tox 在隔离环境中运行。要使用测试，您需要按照上述步骤执行“Git 安装”，因为测试不包括在 PyPI 发行版中。安装后，您可以从 tests 目录中运行单个测试脚本，例如：
python tests/testworkflow.py
注意，许多测试会在测试过程中打开 matplotlib 图形。如果测试脚本在没有显示器的机器上运行，将会引发错误。
_tkinter.TclError: couldn't connect to display "localhost:0.0"
在这种情况下，只需将 matplotlib 后端设置为 agg，这允许在存在显示的情况下成功调用。例如，运行：
export MPLBACKEND=agg
python tests/testworkflow.py
要运行自动套件，使用以下命令安装测试依赖项：
pip install -r requirements.txt
这将安装额外的开发依赖项。然后，要从根目录（包含 README.md 的目录）运行自动套件：
pytest
要在一个隔离的虚拟环境中运行测试，从根目录运行：
tox
如果您没有 tox，可以使用 pip install tox 安装它。默认配置期望系统中有 Python 3.6 和 Python 3.7。要仅针对特定版本进行测试，将 Python 版本作为参数传递给 tox，例如：
tox -e py37
仅测试 Python 3.7。
故障排除
安装失败，缺少 numpy
如果在新的环境中运行 pip install -e .，则必须在安装 scipy 之前安装 numpy。在某些情况下，由于缺少编译器选项，安装 numpy 可能会失败。在这种情况下，您可能希望通过 Anaconda 安装 numpy（通过 Anaconda 安装 Python，然后使用 conda install numpy scipy matplotlib）。一般来说，我们发现在 Anaconda 中设置 numpy 的 C 二进制文件和 matplotlib 的 QT 依赖项比通过系统（涉及每个平台上的不同步骤）要容易。
绘图挂起
在某些系统上，默认的 matplotlib 后端可能会挂起 - 这不是 Atomica 的问题。要解决这个问题，尝试在脚本非常开始处包含以下内容以更改后端：
import matplotlib
matplotlib.use("Qt5Agg")
对于您的系统可能需要不同的后端。您可以通过设置 matplotlibrc 文件来使更改持久化。
下载文件
下载适合您平台的应用程序文件。如果您不确定该选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源代码分发
构建分发
atomica-1.28.5.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | ae59413cd4d0eeae7c226afdaf44a5c3f9a8459820365160cc29eb0b05bd1f69 |
|
| MD5 | f1e86ab065e3126a17e36f8163711d4c |
|
| BLAKE2b-256 | 7a9087e26c1692c7962ed17ee9651b0fbdff455c21986bdcc0562ef786d6e6ef |
atomica-1.28.5-py3-none-any.whl的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | bf39dbc475493d7eb36275c5d19e4c717a8480e368782e283dd348488e7c54b8 |
|
| MD5 | 9210ffae2c3ec08c8ec0823e5227422e |
|
| BLAKE2b-256 | ef7e79834f700907718fd2da66b18b1e6cf32d5d1b0f39fd441f260f3d30c95e |