atlas-placement-hints 0.1.4

概述

此项目包含用于计算放置提示的工具。放置提示用于放置电路构建环境中3D细胞的位置算法。

安装后，您可以使用以下 bash 命令显示可用的命令行：

atlas-placement-hints --help

安装

此Python项目依赖于 Ultraliser 以使用基于网格的方法的算法。

安装 Ultraliser 后，运行以下 bash 命令：

pip install atlas-placement-hints

示例

要为异质皮层生成放置提示数据集，可以执行以下操作：

请注意，在 data/* 下的所需数据集可以通过遵循 atlas-splitter 中的示例生成。

此外，请注意，根据体积的分辨率，这可能需要大量的可用RAM。

atlas-placement-hints isocortex                              \
  --hierarchy-path data/ccfv3/split_hierarcy.json            \
  --annotation-path data/ccfv3/split_annotations.nrrd        \
  --direction-vectors-path data/ccfv3/direction_vectors.nrrd \
  --algorithm voxel-based                                    \
  --output-dir data/

开发者说明

在提交代码审查之前，请运行以下命令

cd atlas-placement-hints
isort -l 100 --profile black atlas_placement_hints tests setup.py
black -l 100 atlas_placement_hints tests setup.py

以下格式化操作将帮助您通过 testenv:lint 中定义的代码检查。

参考文献

当您使用本软件时，我们恳请您引用以下DOI

致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院洛桑联邦理工学院（EPFL）的Blue Brain项目研究基金的支持，该项目是瑞士政府的ETH委员会资助的。

有关许可证和作者信息，请参阅LICENSE.txt和AUTHORS.txt文件。

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