atlas-direction-vectors 0.1.5

概述

此项目包含创建包括小脑、同质皮层和AIBS P56小鼠脑的丘脑在内的几个脑区的方向向量的命令。

方向向量是与脑区体素相关联的3D单位向量。它们代表纤维束的方向，并且假设它们的流线在层状脑区的层中横向穿过。

方向向量用于放置算法中设置细胞方向。

方向向量也用于计算放置提示和分割AIBS小鼠同质皮层的第2/3层。

安装后，您可以使用以下 bash 命令显示可用的命令行

atlas-direction-vectors --help

安装

pip install atlas-direction-vectors

示例

方向向量

获取所需的输入文件

mkdir -p data/ccfv3

# hierarchy file:
curl -o data/1.json http://api.brain-map.org/api/v2/structure_graph_download/1.json

# CCFv3 annotation volume:
curl -o data/ccfv3/annotation_25.nrrd http://download.alleninstitute.org/informatics-archive/current-release/mouse_ccf/annotation/ccf_2017/annotation_25.nrrd

运行代码（注意，根据体积的分辨率，这可能需要大量的可用RAM）

atlas-direction-vectors direction-vectors           \
    isocortex                                       \
    --hierarchy-path data/1.json                    \
    --annotation-path data/ccfv3/annotation_25.nrrd \
    --algorithm shading-blur-gradient               \
    --output-path data/ccfv3/direction_vectors.nrrd

对于占位符方向，可以使用以下方法计算特定区域的向量

atlas-direction-vectors direction-vectors           \
from-center                                         \
    --region SSp                                    \
    --hierarchy-path data/1.json                    \
    --annotation-path data/ccfv3/annotation_25.nrrd \
    --output-path placeholder-direction_vectors.nrrd

开发者指南

在提交您的代码进行审查之前，请运行以下命令

cd atlas-direction-vectors
isort -l 100 --profile black atlas_direction_vectors tests setup.py
black -l 100 atlas_direction_vectors tests setup.py

这些格式化操作将帮助您通过在 tox.ini 中定义的 testenv:lint 检查。

引用

当您使用此软件时，我们恳请您引用以下DOI

致谢

本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院（EPFL）洛桑联邦理工学院（EPFL）蓝脑项目的资金支持，该项目是瑞士政府的ETH委员会资助的研究中心。

有关许可证和作者信息，请参阅LICENSE.txt和AUTHORS.txt文件。

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