单粒子重建算法
项目描述
ASPIRE - 单粒子重建算法 - v0.12.3
ASPIRE-Python项目取代了Matlab ASPIRE。
ASPIRE是一个开源软件包，用于处理单粒子冷冻电子显微镜数据，以确定生物大分子的三维结构。该软件包包括基于严谨数学和统计学及机器学习最新发展的先进算法。它为冷冻电子显微镜处理流程中重要的计算挑战提供了独特和改进的解决方案，包括3-D ab-initio建模、2-D类平均、自动粒子拾取和3-D异质性分析。
有关项目、算法和相关出版物更多信息，请参阅ASPIRE项目网站。
有关完整文档和教程，请参阅文档。
请使用以下DOI进行引用。此DOI代表所有版本，并将始终解析到最新版本。
ComputationalCryoEM/ASPIRE-Python: v0.12.3 https://doi.org/10.5281/zenodo.5657281
安装说明
入门 - 安装
ASPIRE是适用于Linux/Mac/Windows的pip安装包，需要Python 3.8-3.11。入门推荐的方法是使用Anaconda（64位）为您的平台安装Python。然后可以使用Python的包管理器pip在该环境中安全地安装aspire。
如果您不熟悉conda，建议使用适用于x86_64的Miniconda发行版。对于使用osx-arm平台的Apple硅，目前需要修补和从源代码构建一些依赖项。即使对于Apple硅用户，仍然建议使用Intel osx-64安装，否则请参阅注意事项。
假设您已安装conda并拥有兼容的系统，以下步骤将检出当前代码版本，创建环境，并安装ASPIRE。
# Clone the code
git clone https://github.com/ComputationalCryoEM/ASPIRE-Python.git
cd ASPIRE-Python
# Create a fresh environment
conda create --name aspire python=3.8 pip
# Enable the environment
conda activate aspire
# Install the `aspire` package from the checked out code
# with the additional `dev` extension.
pip install -e ".[dev]"
如果您不希望使用Anaconda或对环境管理有其他偏好，您应能够直接使用Python >= 3.8的pip从本地检出或通过PyPI。有关详细信息和高阶说明，请参阅完整文档。
安装测试
要检查安装，提供了一个单元测试套件，在普通机器上大约需要15分钟。
pytest
下载文件
下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个，请了解更多关于安装包的信息。
源代码分发
aspire-0.12.3.tar.gz (334.0 kB 查看哈希值)
构建分发
aspire-0.12.3-py3-none-any.whl (369.8 kB 查看哈希值)
关闭
aspire-0.12.3.tar.gz的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 5ddf7861a57f6a1c7f4218018ed137be03eacf11abdae61f403d9d2839c12894 |
|
| MD5 | 2d86611612e4ae8f8b335c4fc07972ed |
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| BLAKE2b-256 | 45a139b2ad8804b23b39433109151603e87d69586c109ef562006df40130b079 |
关闭
aspire-0.12.3-py3-none-any.whl 的哈希值
| 算法 | 哈希摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | b80b1da49420c6cdd488c9e029e0d1e2b52bdc4a21f8f6a71d41864916e47370 |
|
| MD5 | 24119faf0bdf702de6691e60b0f2c3d0 |
|
| BLAKE2b-256 | 1513988babff8e5f25836f81793e161e00d0cea066e8dce969a992748f604f21 |