apollo 4.2.13

安装

pip install apollo

示例

示例代码：创建一个新的生物体并将自己添加到权限列表中

from apollo import ApolloInstance
wa = ApolloInstance('https://fqdn/apollo', 'jane.doe@fqdn.edu', 'password')

orgs = wa.organisms.add_organism(
    "Yeast",
    "/path/to/jbrowse/data",
    genus='Saccharomyces',
    species='cerevisiae',
    public=False
)

# Give Apollo a second to process the uploaded organism.
time.sleep(1)

# Then add yourself to permission list
data = wa.users.update_organism_permissions(
    "jane.doe@fqdn.edu",
    "Yeast",
    write=True,
    export=True,
    read=True,
)

如果您已经创建了Arrow配置文件（使用命令arrow init），您也可以在不明确编写凭证的情况下获取ApolloInstance

from arrow.apollo import get_apollo_instance
wa = get_apollo_instance()

或者使用Arrow客户端

$ arrow groups create_group university
{
    "publicGroup": false,
    "class": "org.bbop.apollo.UserGroup",
    "name": "university",
    "users": null,
    "id": 558319
}
# THEN
$ arrow users get_users | \
    jq '.[] | select(.username | contains("@tamu.edu")) | .username' | \
    xargs -n1 arrow users add_to_group university
# OR
$ arrow users get_users | \
    jq '.[] | select(.username | contains("@tamu.edu")) | .username' | \
    paste -s -d',' | \
    xargs arrow group update_membership 558319 --users

历史

• 4.2.13

  • 放宽Biopython要求

• 4.2.12

  • 不要从API响应中过滤用户名

• 4.2.11

  • 更新了错误的版本号

• 4.2.10

  • 修复了处理Shine-Dalgarno序列的bug（https://github.com/galaxy-genome-annotation/python-apollo/issues/48）

• 4.2.9

  • 修复了在启用suppress_output时update_organism的bug

• 4.2.8

  • 向update_organism添加了–suppress_output

• 4.2.7

  • 重命名选项：将 –return_all 选项重命名为 –suppress_output

• 4.2.6

  • 为 add_organism 和 delete_organism 方法添加 –return_all 选项

• 4.2.5

  • 防止在日志中显示登录名/密码

• 4.2.4

  • 删除未使用的依赖

• 4.2.3

  • 修复 load_gff3，使其更准确地加载包括 CDS 在内的转录本，并更准确地处理非编码类型。

• 4.2.2

  • 极大地加快了 load_gff3 的速度

  • load_gff3 现在如果它是基因或 mRNA 类型，将使用 Apollo 的 add_transcript 方法

  • 添加了对所有当前 Apollo 编码和非编码类型的支持

  • 停止支持 Python 2.7

• 4.2.1

  • 修复通过名称获取组的问题

  • 为组 API 添加测试

• 4.2

  • 改进用户更新方法

  • 为用户 API 添加测试

• 4.1

  • 修复从 gff3 加载属性的问题

  • 更好地处理基因组序列更新，无论是否有 no_reload_sequences 选项

• 4.0.1

  • 修复 pypi 包中缺少的文件，没有代码更改

• 4.0

  • 添加了对远程创建/更新/删除生物体/轨道的支持

  • 添加了对在注释轨道中添加 GFF3 的支持

  • 添加了测试

• 3.1

  • 添加了用户激活/停用功能

  • 为用户、组和生物体添加了 get_creator

  • 为 get_users 添加了 omitEmptyOrganisms

  • 添加了对组管理员的支持

  • 添加了对批量创建/删除组的支持

  • 修复了 GFF3/Fasta 下载问题

• 3.0.4

  • 修复了 deleteFeatures 中的错误（感谢 @NeillGibson）

• 3.0.3

  • findAllOrganisms 正确工作，客户端过滤不再需要。

• 3.0.2

  • 修复了 io.write 中发现的错误，感谢 Morgan！

• 3.0

  • “箭头” CLI 工具

  • 更 Pythonic 的 API 以及许多针对 Apollo 错误或异常的解决方案

  • 完整包重构

  • 几乎所有函数都被重命名

• 2.0

  • Galaxy 函数

  • TTL 缓存以解决 Galaxy 的行为问题

  • 来自 @abretaud 的状态和 canned* 客户端

• 1.0

  • 初始发布

开发

docs 和 arrow 目录的内容自动从 apollo 目录中的代码生成。要重新生成它，请安装最新版本的代码，然后运行

make rebuild

许可证

在 MIT 许可证下可用

支持

本材料基于美国国家科学基金会资助的工作，资助编号为（奖号 1565146）