anndata2ri 1.3.2

安装

pip install anndata2ri
# or
conda install -c bioconda anndata2ri

故障排除

如果您在安装或导入anndata2ri时遇到问题，请确保首先

1. 检查堆栈跟踪：如果在安装或导入依赖项（如rpy2）时发生错误，请在该项目的错误跟踪器中报告您的问题。

2. 搜索问题。在撰写本文时，29个错误中的17个（60%）是无效的或rpy2错误/安装问题。

3. 确保您有兼容的R版本：rpy2需要R ≥ 3.6。

从Python使用

手动使用转换器……

import anndata2ri
from rpy2.robjects import r
from rpy2.robjects.conversion import localconverter

with localconverter(anndata2ri.converter):
    adata = r('as(some_data, "SingleCellExperiment")')

……或全局激活它

import anndata2ri
from rpy2.robjects import r
anndata2ri.activate()

adata = r('as(some_data, "SingleCellExperiment")')

从Jupyter使用

在加载扩展之前激活转换

import anndata2ri
anndata2ri.activate()
%load_ext rpy2.ipython

现在您可以从Python将对象移动到R……

import scanpy.datasets as scd
adata_paul = scd.paul15()

%%R -i adata_paul
adata_paul  # class: SingleCellExperiment ...

……然后返回

%%R -o adata_allen
data(allen, package = 'scRNAseq')
adata_allen <- as(allen, 'SingleCellExperiment')

print(adata_allen)  # AnnData object with ...