Flamel

该项目的目标是开发一个 命令行界面（CLI） 到 alchemlyb，这是一个经过良好测试和积极开发的用于配位化学自由能计算的库。它预期将 成为 现已不再支持的 alchemical-analysis 脚本的继任者。

安装

包含 flamel 的软件包称为 alchemistry-flamel。可以使用 pip 安装最新版本，或者从源安装。以下将解释这两种方法。

pip

flamel 在 Python 软件包索引（PyPi）中以 alchemistry-flamel 的名称提供，可以使用以下命令安装：

pip install alchemistry-flamel

安装的软件包将使 flamel 脚本可用。

从源代码

克隆 flamel 仓库 https://github.com/alchemistry/flamel 并使用 pip 安装

git clone git@github.com:alchemistry/flamel.git
pip install flamel/

卸载

如果您想使用 pip 安装后删除 flamel，请运行以下命令：

pip uninstall alchemistry-flamel

以删除 flamel 和其相关文件。

用法

可以使用以下命令调用分析：

flamel -a GROMACS -d dhdl_data -f 10 -g -i 50 -j result.csv -m TI,BAR,MBAR -n dE -o out_data -p dhdl -q xvg -r 3 -s 50 -t 298 -v  -w

运行 flamel -h 以查看选项的完整描述。

输出

本脚本是对ABFE工作流（在alchemlyb中）的封装。脚本将从ABFE工作流生成输出，包括O_MBAR.pdf、dF_t.pdf、dF_state.pdf、dF_t.pdf、dhdl_TI.pdf。

脚本还将生成result.csv和result.p，这是一个总结结果的pandas DataFrame：

                  TI  TI_Error    BAR  BAR_Error   MBAR  MBAR_Error
States 0 -- 1  0.962     0.007  0.956      0.007  0.964       0.006
       1 -- 2  0.567     0.006  0.558      0.006  0.558       0.004
       2 -- 3  0.264     0.005  0.258      0.005  0.254       0.004
       3 -- 4  0.035     0.004  0.035      0.004  0.030       0.003
Stages fep     1.828     0.014  1.806      0.016  1.807       0.014
       TOTAL   1.828     0.014  1.806      0.011  1.807       0.014

名称

遵循将自由能估计与alchemistry联系的传统，它以Nicolas Flamel的名字命名。

版权

版权所有（c）2022，AUTHORS。

致谢

@harlor开始开发flamel，作为原始alchemical-analyis.py脚本的替代品。

项目模板基于Computational Molecular Science Python Cookiecutter版本1.1。