AiiDA LAMMPS插件

这是一个用于经典分子动力学代码LAMMPS的AiiDA插件。

此插件包含两种类型的计算

• lammps.base：使用基于参数的输入生成进行单阶段LAMMPS计算的计算。
• lammps.raw：使用预制的LAMMPS输入文件的计算。

lammps.base还用于处理三种工作流程

• lammps.base：一个可用于提交任何单阶段LAMMPS计算的工作流程。

• lammps.relax：一个使用LAMMPS提交结构弛豫的工作流程。

• lammps.md：一个使用LAMMPS提交分子动力学计算的工作流程。

• AiiDA LAMMPS插件

  • 安装
  • 内置势支持
  • 示例
    • 代码设置
    • 结构设置
    • 势设置
    • 力计算
    • 优化计算
    • MD计算
  • 开发
    • 编码风格要求
    • 测试

安装

从PyPI安装稳定版本

pip install aiida-lammps

从源代码安装

git clone https://github.com/aiidaplugins/aiida-lammps.git
pip install -e aiida-lammps

内置势支持

lammps.base计算和相关工作流程使用由通过传递势文件和一些标签参数创建的LammpsPotentialData数据结构。

此数据结构可以用来处理以下潜在类型

• 单个文件势：可以存储在单个文件中的任何势，例如 EAM、MEAM、Tersoff 和 ReaxFF。
• 直接参数化的势：其参数通过输入文件中的 pair_coeff 直接给出的势，例如 Born、Lennard-Jones 和 Yukawa。这些参数应写入一个文件，然后存储到 LammpsPotentialData 节点中。

示例

更多示例计算可以在 /examples 文件夹以及文档中找到。这些示例涉及使用 LAMMPS 进行单阶段计算的一些常见情况。

开发

运行测试

可以使用 tox 在隔离的虚拟环境中运行测试套件（参见仓库中的 tox.ini）

pip install tox
tox -e 3.9-aiida_lammps -- tests/

或直接

pip install .[testing]
pytest -v

测试需要 PostgreSQL 和 RabbitMQ 都正在运行。如果您想运行隔离的 RabbitMQ 实例，请参阅仓库中的 docker-compose.yml 文件。

一些测试需要存在一个 lammps 可执行文件。

实现此目标的最简单方法是使用 Conda

conda install lammps==2019.06.05
# this will install lmp_serial and lmp_mpi

您可以使用以下命令为 LAMMPS 指定不同的可执行文件名

tox -e 3.9-aiida_lammps -- --lammps-exec lmp_exec

将 calcjob 执行的结果输出到特定目录

pytest --lammps-workdir "test_workdir"

提交前

代码使用 pre-commit 格式化和检查，以确保代码符合标准

cd aiida-lammps
pre-commit run --all

或自动化运行，在每次提交之前触发

pre-commit install

许可证

aiida-lammps 插件包在 MIT 许可下发布。有关详细信息，请参阅 LICENSE 文件。