aiida-crystal17

运行CRYSTAL17代码的AiiDA插件。代码主要针对CRYSTAL17进行测试，但输出解析也针对CRYSTAL14进行了测试。

文档： https://readthedocs.org/projects/aiida-crystal17

安装

要从Conda安装（推荐）：

>> conda install -c conda-forge aiida-crystal17 aiida-core.services

要从PyPI安装：

>> pip install aiida-crystal17

要安装开发版本

>> git clone https://github.com/aiidaplugins/aiida-crystal17 .
>> cd aiida-crystal17
>> pip install -e .  # also installs aiida, if missing (but not postgres)
>> #pip install -e .[pre-commit,testing] # install extras for more features
>> verdi quicksetup  # set up a new profile
>> verdi calculation plugins  # should now show the calclulation plugins (with prefix crystal17.)

开发

针对模拟CRYSTAL17可执行文件进行测试

由于CRYSTAL17是受许可的软件，因此无法在Travis CI上获取可执行文件的副本。因此，为测试目的创建了一个模拟可执行文件（mock_runcry17）（这也有助于加快测试运行）。

该可执行文件计算所提供输入文件的md5哈希值，并尝试与预计算的哈希值字典进行匹配。如果找到，则将匹配的输出（从test/output_files）写入stdout。

以下将发现并运行所有单元测试

>> pip install -e .[testing]
>> reentry scan -r aiida
>> pytest -v

要省略调用外部可执行文件（如crystal17）的测试

>> pytest --cry17-skip-exec

要调用实际的可执行文件（例如，使用crystal17而不是mock_crystal17）

>> pytest --cry17-no-mock

要将calcjob执行的结果输出到特定目录

>> pytest --cry17-workdir "test_workdir"

编码风格要求

代码风格使用flake8进行测试，配置在.code.yapf中，代码应使用yapf进行格式化（配置在.code.yapf中）。

使用aiida-crystal17[code_style]安装将使pre-commit包可用，这将确保通过重新格式化代码并在提交前测试lint错误来通过这些测试。可以通过以下方式设置：

>> cd aiida-crystal17
>> pre-commit install

您可以选择单独运行yapf和flake8

>> yapf -r -i .  # recrusively find and format files in-place
>> flake8

编辑器如VS Code也具有自动代码格式化工具，可以遵循此标准。

本地安装CRYSTAL17

要在mac上设置CRYSTAL17的本地版本（在从发行商下载副本之后），我必须

1. 移除可执行文件的隔离

   xattr -c crystal
   xattr -c properties
   

2. 在预期的文件夹中创建lapack/blas库的版本

   sudo port install lapack
   sudo cp /opt/local/lib/lapack/liblapack.3.dylib /usr/local/opt/lapack/lib/liblapack.3.dylib
   sudo cp /opt/local/lib/lapack/libblas.3.dylib /usr/local/opt/lapack/lib/libblas.3.dylib
   

3. 在~/.bashrc中定义环境变量，如cry17_scripts/cry17.bashrc中详细说明

4. 将cry17_scripts/runcry17脚本复制或符号链接到/usr/local/bin/

许可证

见LICENSE文件

联系方式

chrisj_sewell@hotmail.com