agct: 另一个基因组转换工具

pyliftover工具的替代品，使用St. Jude的chainfile crate。

从冷启动中启用显著更快地加载chainfile（见analysis/）。

安装

从PyPI安装

python3 -m pip install agct

用法

初始化类实例

from agct import Converter, Genome
c = Converter(Genome.HG38, Genome.HG19)

如果本地没有链文件，则从UCSC下载并使用wags-tails包保存 -- 请参阅wags-tails配置说明以获取如何指定非默认存储位置的信息。

调用convert_coordinate()

c.convert_coordinate("chr7", 140453136, "+")
# [['chr7', 140152936, <Strand.POSITIVE: '+'>]]

开发

必须安装Rust工具链。

创建虚拟环境并安装开发依赖项

python3 -m virtualenv venv
source venv/bin/activate
python3 -m pip install -e '.[dev,tests]'

这将把Python代码安装为可编辑的，但在Rust代码有任何更改后，运行maturin develop来重新构建Rust二进制文件

maturin develop

务必安装pre-commit钩子

pre-commit install

使用ruff检查Python风格

python3 -m ruff format . && python3 -m ruff check --fix .

使用cargo fmt检查Rust风格（必须在rust/子目录内运行）

cd rust/
cargo fmt

使用pytest运行测试

pytest