AdaptivePELE 1.7.4

用法

AdaptivePELE通过控制文件作为输入参数调用。控制文件是一个包含4个部分的json文档：一般参数、模拟参数、聚类参数和繁殖参数。第一个块指的是自适应运行的通用参数，而其他三个块配置自适应采样运行的三个步骤，首先运行传播算法（模拟），然后聚类轨迹（聚类），最后选择下一个迭代开始的最佳点（繁殖）。

用法示例

python -m AdaptivePELE.adaptiveSampling controlFile.conf

安装

安装AdaptivePELE有两种方法，从存储库安装，无论是PyPI还是Conda（推荐），或直接从源安装。

要从PyPI安装，只需运行

pip install AdaptivePELE

要从Conda安装，只需运行

conda install -c nostrumbiodiscovery -c conda-forge adaptive_pele

要从源安装，您需要使用以下命令安装和编译基本目录中的cython文件：

git clone https://github.com/AdaptivePELE/AdaptivePELE.git
cd AdaptivePELE
python setup.py build_ext --inplace

此外，如果AdaptivePELE没有安装在典型的库目录中，一个常见的选项是将它添加到您的本地PYTHONPATH

export PYTHONPATH="/location/of/AdaptivePELE:$PYTHONPATH"

文档

AdaptivePELE的文档可以在这里找到

贡献者

Daniel Lecina，Joan Francesc Gilabert，Oriol Gracia，Daniel Soler

维护者

Joan Francesc Gilabert (cescgina@gmail.com)

引用

AdaptivePELE是研究软件。如果您在科学出版物中使用AdaptivePELE，请引用它。BibTeX参考文献如下

@article{Lecina2017,
author = {Lecina, Daniel and Gilabert, Joan Francesc and Guallar, Victor},
doi = {10.1038/s41598-017-08445-5},
issn = {2045-2322},
journal = {Scientific Reports},
number = {1},
pages = {8466},
pmid = {28814780},
title = {{Adaptive simulations, towards interactive protein-ligand modeling}},
url = {http://www.nature.com/articles/s41598-017-08445-5},
volume = {7},
year = {2017}
}