Acanthophis

Acanthophis是一个可重复使用、全面、有观点的Snakemake管道，用于植物微生物基因组学和植物变异调用。

文档

有关文档，请参阅 ./documentation.md。简而言之

# create conda env, activate it
mamba create -n someproject python snakemake pip natsort
mamba activate someproject

# Install acanthophis itself
pip install acanthophis

# Generate a workspace. This copies all files the workflow will need to your
# workspace directory.
acanthophis-init /path/to/someproject/

# Edit config.yml to suit your project. Hopefully this config file documents
# all options available in an understandable fashion. If not, please raise an
# issue on github.
vim config.yml

# Run snakemake
snakemake -j 16 -p --use-conda --conda-frontend mamba --ri

# Or on a cluster, see acanthophis-init --list-available-profiles
snakemake --profile ./ebio-cluster/

兼容性

虽然snakemake和Acanthophis是跨平台的，但大多数底层工具仅针对Linux x68_64进行打包，并且仅在Linux上运行。因此，我只支持Linux系统上的用户。理论上，一切 都应该 在OSX或WSL上运行，但绝大多数用户将希望利用高性能的Linux工作站（至少，可能更有可能是集群）。

运行测试

有关运行测试的信息，请参阅 ./tests/README.md。

贡献与协助

如果您有任何想要贡献的内容（建议、文档、代码），我们非常欢迎拉取请求。请在实现之前在新问题中讨论任何重大贡献，以避免浪费精力。

如果您需要任何协助，或有其他问题或评论，请通过github创建一个问题，或发起一次讨论。不幸的是，这两个都需要github账户，因此作为替代，您可以给我发送电子邮件（foss <常用电子邮件符号> kdmurray.id.au）。

关于 & 作者

这是由德国图宾根的Weigel Group, MPI DB，Warthmann Group, IAEA/FAO PBGL, 奥地利Seibersdorf和Borevitz Group, 澳大利亚ANU, 堪培拉等机构之间开发的几个管道的整合。此整合由穆雷博士（Dr. K. D. Murray）撰写，原始代码主要由穆雷博士、诺曼·沃特曼（Norman Warthmann）编写，并得到了上述机构其他人员的贡献。