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诱发电位分析软件

项目描述

ABR分析

此程序简化了听觉诱发电位(通过听觉脑干反应和复合动作电位进行测试)的分析。您可以在单次实验期间收集的波形系列进行可视化,并识别阈值,提取波形中每个单独峰值的幅度和潜伏期。

该程序支持以下文件格式

  • 由Eaton Peabody实验室的耳蜗功能测试套件(EPL CFTS)生成的ABR数据。
  • psiexperiment生成的ABR数据。
  • 由智能听觉系统(IHS)文本导出生成的ABR数据。

个别研究小组也已将程序修改为支持他们自己的文件格式。

安装

开始使用最简单的方法是下载Anaconda Python发行版。安装完成后,您将在开始菜单中找到新的程序。其中一个叫做Anaconda Prompt。打开Anaconda Prompt,您将获得一个命令窗口。输入以下命令序列

conda create -n abr python=3.10
conda activate abr
pip install abr

运行程序

打开Anaconda Prompt并输入

conda activate abr
abr

更新程序

conda activate abr
pip install --upgrade abr

可用程序

ABR分析程序有两个主要接口。第一个是基本接口,您可以手动从文件浏览器拖动文件并将其拖放到窗口上。您可以拖动一个文件或多个文件。每个文件将在单独的标签页中打开。第二个接口是一个自动接口,它将循环遍历文件夹中找到的所有未处理的ABR文件,并分别向您展示每个文件进行分析。一旦保存分析,它将立即移动到下一个文件。

两个接口都通过启动器访问。当您首次打开启动器时,您将指定

  • 您的名字(即“分析师”)
  • 文件格式。对于你们中的许多人,除非您使用我的数据采集软件psiexperiment,否则您将选择EPL CFTS。
  • 您想分析哪些波。如果没有选中任何选项,我们将假设您只想标记阈值。
  • 要使用的过滤器设置。该程序的原始版本(通过EPL网站分发)使用300到3000 Hz的带通巴特沃斯滤波器对波形进行滤波。

处理

每个波形都使用巴特沃斯滤波器进行带通滤波(滤波阶数以及高通和低通截止频率通过命令行选项指定)。此滤波过程消除了基线漂移以及可能干扰峰值检测算法的高频噪声。要防止对波形进行滤波,请使用--nofilter选项;然而,请注意,这可能会降低自动峰值检测的有效性。重要提示:由于算法使用正向和反向滤波器(以最小化相移),实际阶数是请求阶数的两倍。

计算并展示P1-5的初始估计值以供校正。您可以通过上/下箭头导航波形堆栈,并通过相应的数字(1-5)选择一个点。一旦选择了一个点(它将变为白色方块),您可以使用左右箭头键将其沿波形移动。由于算法依赖于P1-5的位置来计算N1-5的最佳可能估计,因此您应在请求算法估计N1-5之前校正P1-5的位置。您还可以通过导航到适当的波形(通过上/下箭头)并按“t”键来指定阈值。

输出格式

每个点的幅度和延迟以及系列的阈值被保存。如果点是亚阈值波形的一部分,则保存延迟的加法逆(即在解析文件时,亚阈值数据可以通过负延迟识别)。如果需要,可以从亚阈值点使用幅度来估计噪声地板。

界面

当前波形以粗黑线显示。一旦指定了阈值,亚阈值波形将以虚线表示。所选点以白色方块表示。负值以三角形表示,正值以方块表示。红色是P1/N1,黄色是P2/N2,绿色是P3/N3,浅蓝色是P4/N4,深蓝色是P5/N5。

使用程序的说明包含在用户界面中。

归属

与标记点不可评分和/或将波形上下移动以确保它们不会超出绘图相关联的代码改编自为美国政府执行的工作,因此属于公共领域。代码的其余部分仍受BSD 3条款许可。

项目详情


下载文件

下载适用于您平台的文件。如果您不确定选择哪个,请了解更多关于安装包的信息。

源代码分发

ABR-0.0.12.tar.gz (213.2 kB 查看散列值)

上传时间 源代码

构建分发

ABR-0.0.12-py3-none-any.whl (219.5 kB 查看散列值)

上传时间 Python 3

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