abifpy 0.9

跟踪对象属性和方法

seq

存储在文件中的碱基调用核苷酸序列的字符串。

qual

碱基调用序列的phred质量字符的字符串。

qual_val

碱基调用序列的phred质量值的列表。

id

序列文件名的字符串。

name

在测序之前输入的样本名的字符串。

trim(sequence[, cutoff=0.05])

使用Richard Mott的算法（在phred中使用）进行修剪序列，概率截止值为0.05。可以用于seq、qual和qual_val。

get_data(key)

返回文件中存储的元数据，接受来自tags（见下文）的键。

export([out_file=””, fmt=’fasta’])

从轨迹文件中写入fasta（fmt='fasta'）、qual（fmt='qual'）或fastq（fmt='fastq'）文件。默认格式是fasta。

close()

关闭Trace文件对象。

seq_remove_ambig(seq)

将多余的模糊碱基字符（K, Y, W, M, R, S）替换为‘N’。接受seq作为输入。

EXTRACT

确定哪些元数据被提取的字典。

data

包含文件元数据的字典。键是EXTRACT的值。

tags

包含数据目录类实例值的标签字典。键是标签名和标签号的组合。使用get_data()访问每个tags条目中的值。

用法

$ python
>>> from abifpy import Trace
>>> yummy = Trace('tests/3730.ab1')

或者如果您想直接执行基修剪

>>> yummy = Trace('tests/3730.ab1', trimming=True)

序列可以通过seq属性访问。其他值得注意的属性包括qual用于phred质量字符，qual_val用于phred质量值，id用于测序轨迹文件名，name用于样本名。

>>> yummy.seq
'GGGCGAGCKYYAYATTTTGGCAAGAATTGAGCTCT...
>>> yummy.qual
'5$%%%\'%%!!!\'!+5;726@>A=3824DESHSS...
>>> yummy.qual_val
[20, 3, 4, 4, 4, 6, 4, 4, 0, 0, 0, 6, 0, 10, 20, 26, 22, 17, 21...
>>> yummy.id
'3730'
>>> yummy.name
'226032_C-ME-18_pCAGseqF'

如果在实例化时没有执行修剪，您之后还可以执行

>>> yummy.trim(yummy.seq)

质量值本身也可以进行修剪

>>> yummy.trim(yummy.qual)

查看轨迹文件元数据很简单。使用EXTRACT的值作为data中的键

>>> yummy.data['well']
'B9'
>>> yummy.data['model']
'3730'
>>> yummy.data['run start date']
datetime.date(2009, 12, 12)

不在data中的元数据可以使用get_data()查看，其中一个keys在tags中作为参数，例如

>>> yummy.get_data('PTYP1')
'96-well'

有关这些标签的含义和文件元数据的更多信息，请参阅官方规范。

安装

• pip install abifpy，或者

• 将abifpy目录添加到您的$PYTHONPATH（在.bashrc中使其持久化）

许可证

abifpy许可协议为MIT License。

版权所有(c) 2011 Wibowo Arindrarto <bow@bow.web.id>

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