ABFE_workflow

警告： 该仓库目前正在开发中 - 目前没有任何保证。但很快将推出第一个版本。这与目前正在提交的论文一起。：）

这是一个基于GMX的ABFE计算的snakemake工作流。该工作流可以在Slurm排队系统中扩展。这里提供的Cyclophilin D测试系统和实验值来自

• Alibay, I.; Magarkar, A.; Seeliger, D.; Biggin, P. C. 评估绝对结合自由能在片段优化过程中的应用。Communications Chemistry 2022，5，105。
• Grädler, U.; Schwarz, D.; Blaesse, M.; Leuthner, B.; Johnson, T. L.; Bernard, F.; Jiang, X.; Marx, A.; Gilardone, M.; Lemoine, H.; Roche, D.; Jorand-Lebrun, C. 从具有毫摩尔活性的三维片段中发现新的Cyclophilin D抑制剂。Bioorganic Medicinal Chemistry Letters 2019，29，126717。

这里是一个触发过程的可视化：

新功能

我们目前正在改进用户体验。输入已被简化，只需提供受体和配体的.pdb文件。

>cli-abfe -h

usage: cli-abfe [-h] -p PROTEIN_PDB_PATH -l LIGAND_SDF_DIR -o OUTPUT_DIR_PATH [-c COFACTOR_SDF_PATH] [-nc NUMBER_OF_CPUS_PER_JOB] [-nj NUMBER_OF_PARALLEL_JOBS] [-nr NUMBER_OF_REPLICATES] [-submit]
                       [-gpu] [-hybrid]

optional arguments:
  -h, --help            show this help message and exit
  -p PROTEIN_PDB_PATH, --protein_pdb_path PROTEIN_PDB_PATH
                        Input protein pdb file path
  -l LIGAND_SDF_DIR, --ligand_sdf_dir LIGAND_SDF_DIR
                        Input ligand(s) sdf file path
  -o OUTPUT_DIR_PATH, --output_dir_path OUTPUT_DIR_PATH
                        Output approach folder
  -c COFACTOR_SDF_PATH, --cofactor_sdf_path COFACTOR_SDF_PATH
                        Input cofactor(s) sdf file path
  -nc NUMBER_OF_CPUS_PER_JOB, --number_of_cpus_per_job NUMBER_OF_CPUS_PER_JOB
                        Number of cpus per job
  -nj NUMBER_OF_PARALLEL_JOBS, --number_of_parallel_jobs NUMBER_OF_PARALLEL_JOBS
                        Number of jobs in parallel
  -nr NUMBER_OF_REPLICATES, --number_of_replicates NUMBER_OF_REPLICATES
                        Number of replicates
  -nosubmit             Will not automatically submit the ABFE calculations
  -nogpu                don't use gpus for the submissions?
  -nohybrid             don't do hybrid execution (complex jobs on gpu and ligand jobs on cpu (requires gpu flag))

用法

一个示例用法包含在examples/example_execution.sh中，该脚本使用ABFE_Calculator.py脚本。如果您删除提交标志，则可以启动一个仅设置文件夹结构的运行。（查看我们的示例文件夹）

通过以下方式提供额外的脚本信息

  conda activate abfe

  cli-abfe -h
  # or
  cli-abfe-gmx -h

在Bash中运行ABFE活动

  conda activate abfe
  cli-abfe -p <path>/receptor.pdb \
           -l <path>/myligands \
           -o <path>/Out  \
           -nogpu -nohybrid -nc 8

输入

对于命令行选项，建议如下结构化输入

• <配体>
  • ligand1.sdf
  • ligand2.sdf
  • ligand3.sdf
  • ...
• receptor.pdb

对于Python调用

• ligand_sdfs:List[str] - sdf文件路径
• protein_pdb_path: str - pdb文件路径

或者，您可以提供gromacs输入文件并使用命令行工具ABFE_GMX_CLI。请确保您的配体在gmx文件中名为LIG。输入结构应如下所示

• <rooot_dir>
  • <ligand-1>
    • 溶剂
      • 溶剂.gro
      • 溶剂.top
    • 复合物
      • 复合物.gro
      • 复合物.top
  • <ligand-2>
    • 溶剂
      • 溶剂.gro
      • 溶剂.top
    • 复合物
      • 复合物.gro
      • 复合物.top ...

安装

该软件包可以按照以下脚本进行安装

  cd ABFE_workflow
  conda env create --file ./environment.yml
  conda activate abfe
  pip install .