用于神经元拓扑分析的Python包。
项目描述
TMD
用于神经元拓扑分析的Python包。
TMD执行神经元形态的拓扑分析并提取树的持久性条形码。
此Python模块包括
- 基本加载swc和h5文件格式的神经元形态。
- 提取树形态的拓扑描述符。
- 神经元树和神经元的可视化。
- 绘制持久性图、条形码和图像。
安装
应使用pip安装此包
pip install TMD
可选查看器安装
pip install TMD[viewer]
使用方法
# Import the TMD toolkit in IPython
import tmd
# Load a neuron
neuron = tmd.io.load_neuron('input_path_to_file/input_file.swc')
# Extract the tmd of a neurite, i.e., neuronal tree
pd = tmd.methods.get_persistence_diagram(neuron.neurites[0])
引用
如果您在本研究中使用此软件或方法，我们恳请您引用以下与该存储库相关的出版物
分支神经元形态的拓扑表示
引用此文章为
Kanari, L., Dłotko P., Scolamiero M., 等等，《分支神经元形态的拓扑表示》，Neuroinformatics 16, 第1卷 (2018): 3-13. https://doi.org/10.1007/s12021-017-9341-1.
相关出版物
全面形态-电生理分析显示人类颞叶皮层中有2种不同的L2和L3锥体神经元，Cerebral Cortex
引用此文章为
Deitcher Y., Eyal G., Kanari L., 等等，《全面形态-电生理分析显示人类颞叶皮层中有2种不同的L2和L3锥体神经元》，Cerebral Cortex，第27卷，第11期，2017年11月，第5398-5414页，https://doi.org/10.1093/cercor/bhx226
新皮层锥体细胞的客观形态分类:
引用此文章为
Lida Kanari，Srikanth Ramaswamy，Ying Shi，Sebastien Morand，Julie Meystre，Rodrigo Perin，Marwan Abdellah，Yun Wang，Kathryn Hess，Henry Markram，《新皮层锥体细胞的客观形态分类》，Cerebral Cortex，第29卷，第4期，2019年4月，第1719-1735页，https://doi.org/10.1093/cercor/bhy339
在Blue Brain项目中开发。
资金与致谢
本软件的开发得到了瑞士联邦理工学院洛桑联邦理工学院（EPFL）的研究中心Blue Brain项目的资金支持。
有关许可证和作者信息，请分别查看LICENSE.txt和AUTHORS.md。
版权© 2021-2022 Blue Brain Project/EPFL
下载文件
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源代码发行版
构建发行版
tmd-2.4.3.tar.gz的散列值
| 算法 | 散列摘要 | |
|---|---|---|
| SHA256 | 9bfd35d0da9b487bb711aad02fd9a571e945596967b7fe95908c739b6c02693e |
|
| MD5 | fe05b672e2059069b37b59f852a29a02 |
|
| BLAKE2b-256 | 12b433ec0c71409c29459e5e7b87f891a8c2e447aed2c0f578a806604fae8a78 |
